663 sayılı KHK ile Sağlık Bakanlığı ve bağlı kuruluşlarının teşkilat yapısında önemli değişiklikler yapılmıştır. Bu değişikliklerden bazıları şunlardır: Bakanlığın görevleri arasına, halk sağlığının korunması, sağlık hizmetlerinin planlanması ve acil durumlarda sağlık hizmetlerinin yürütülmesi gibi yeni yetkiler eklenmiştir. Merkez teşkilatı, bakan, müsteşar, genel müdürler ve bağlı kuruluşlardan oluşacak şekilde yeniden yapılandırılmıştır. Taşra teşkilatı, il ve ilçe sağlık müdürlükleri olarak düzenlenmiştir. Sağlık kurum ve kuruluşlarına izin verme ve ruhsatlandırma yetkisi Bakanlığa verilmiştir. İlaç fiyatlarının belirlenmesine ilişkin usul ve esaslar, Bakanlığın teklifi üzerine Bakanlar Kurulu tarafından belirlenmeye başlanmıştır. Sağlık mesleklerinin standartları, ilgili kuruluşlarla işbirliği yapılarak belirlenmeye başlanmıştır.