694 sayılı KHK ile yapılan bazı değişiklikler şunlardır: 1. MİT'in Bağlantısı: MİT, Cumhurbaşkanı'na bağlandı ve MİT Müsteşarı hakkında soruşturma yapılması Cumhurbaşkanının iznine tabi oldu. 2. Terörle Mücadele Kanunu: Terörle Mücadele Kanunu kapsamına giren suçlarda tutukluluk süresi 5 yıldan 7 yıla uzatıldı. 3. Sağlık Bakanlığı Örgütlenmesi: Sağlık Bakanlığı'nda genel müdürlükler olan Türkiye Halk Sağlığı Kurumu ve Türkiye Kamu Hastaneleri Kurumu, yeniden genel müdürlük olarak yapılandırıldı ve merkez teşkilatına alındı. 4. Askeri Hastaneler: Askerlik görevini yapan tabip, uzman tabip, diş tabibi ve eczacılar, askeri hastanelerde ve şehit aileleri, gaziler ile sınır ötesi harekâtlarda görevlendirilebilecek. 5. Kamu Görevine Alım: Kamu kurum ve kuruluşlarında çalışacak personel için güvenlik soruşturması yapılması zorunluluğu getirildi. 6. Madde Bağımlılığı Tedavisi: Madde bağımlılığı tedavisine yönelik sağlık hizmetleri, herhangi bir şarta bağlı olmaksızın SGK tarafından karşılanacak.