Peynirler literatürde çeşitli ölçütlere göre sınıflandırılır: Pıhtının elde edilme yöntemi: Peynir mayası ile pıhtılaştırma (Beyaz, Kaşar, Gouda vb.); Zararsız organik asitle pıhtılaştırma (Cottage, Quark vb.); Isıl işlemle pıhtılaştırma (Ricotta, Lor vb.). Peynirin su (veya toplam kurumadde) içeriği: Çok sert (Parmesan, Romano vb.); Sert (Ras, Cheddar vb.); Yarı sert (Mohan vb.); Yarı yumuşak (Limburg, Roquefort vb.); Yumuşak (Brie, Cottage vb.). Peynirin kuru maddede yağ içeriği: Tam yağlı; Yağlı; Yarım yağlı; Yavan. Kullanılan starter kültürler: Laktik asit bakterileri (Beyaz, Tulum, Cheddar vb.); Küfler (Roquefort, Camembert vb.); Laktik asit bakterileri ile birlikte diğer mikroorganizmalar (Limburg vb.). Diğer faktörler: Ülke kökeni (Türk peyniri, Fransız peyniri vb.); Süt türü (inek peyniri, koyun peyniri vb.); Olgunlaşma durumu (olgunlaşmış, taze); Peynirin büyüklüğü ve şekli. Dünya Sağlık Örgütü ve Gıda Tarım Örgütü'nün çalışmaları sonucunda peynirler üç ana grupta toplanmıştır: 1. Üretildikten hemen sonra tüketilmeyen, olgunlaşmış peynirler; 2. Küflü peynirler; 3. Taze veya olgunlaşmamış peynirler.