Ekşi yoğurt, bozulma derecesine bağlı olarak çeşitli zararlara sebebiyet verebilir. Ekşi yoğurdun yenmemesi gereken durumlar: Küflenme: Yoğurtta küf oluşmuşsa, zararlı toksinler içerebileceğinden kesinlikle yenmemelidir. Şişkinlik veya köpürme: Şişkin veya köpüren yoğurt, zararlı bakterilerin üremesine işaret edebilir. Çok ekşime: pH değeri 4,5'in altındaki çok ekşi yoğurt, mide bulantısı, kusma ve ishal gibi mide rahatsızlıklarına neden olabilir. Ayrıca, acımsı bir tat alan ve koyu renk olan yoğurtların tüketilmesi de sakıncalıdır. Yoğurdun tüketilip tüketilemeyeceğinden emin olunmadığında, kıvamına ve kokusuna bakarak yeniden değerlendirme yapılabilir.