Mutasyon ve modifikasyon arasındaki temel farklar şunlardır: 1. Gen Yapısı: Mutasyonda genlerin yapısı değişirken, modifikasyonda genlerin işleyişi değişir. 2. Kalıtsallık: Mutasyonlar üreme hücrelerinde meydana gelirse kalıtsaldır, modifikasyonlar ise kesinlikle kalıtsal değildir. 3. Etki Eden Faktörler: Mutasyonlara X ışını, radyasyon, kimyasal maddeler gibi faktörler neden olurken, modifikasyonlara sıcaklık, besin, basınç gibi çevresel faktörler etki eder. 4. Fenotip ve Genotip: Mutasyonlar hem fenotip hem de genotipi değiştirirken, modifikasyonlar sadece fenotipi etkiler. 5. Geri Dönülebilirlik: Mutasyona sebep olan faktör ortadan kalkınca canlı eski haline dönemezken, modifikasyonlarda ortam şartları düzeldiğinde canlı tekrar eski halini alabilir.