Waardenburg sendromu, embriyonik gelişim sırasında nöral krest hücrelerinin bölünmesi ve göçünü etkileyen genetik mutasyonlardan kaynaklanır .
Sendroma neden olan bazı genler:
- PAX3 . Tip 1 Waardenburg sendromuna yol açar .
- MITF . Tip 2 Waardenburg sendromu ile ilişkilidir .
- SOX10 . Tip 4 Waardenburg sendromuna neden olabilir .
- EDN3 ve EDNRB . Tip 4 Waardenburg sendromu ile ilişkilidir .
Çoğu vaka otozomal dominant kalıtım gösterir, yani ebeveynlerden birinde mutasyon varsa çocuğa geçme olasılığı yüksektir . Ancak, aile öyküsü olmaksızın yeni mutasyonlarla da ortaya çıkabilir .