Waardenburg sendromu, çoğunlukla genetik mutasyonlardan kaynaklanır ve altı farklı genin (PAX3, MITF, SOX10, SNAI2, EDN3 ve EDNRB) varyantları ile ilişkilidir .
Bu sendromun temel nedenleri şunlardır:
- PAX3 geni: Mutasyonlar, özellikle Waardenburg sendromu tip 1 ve tip 3'e yol açar .
- MITF geni: Pigmentasyon anomalilerini düzenler ve tip 2'de rol oynar .
- SOX10, SNAI2 ve EDN3 genleri: Mutasyonlar, tip 4'ün yanı sıra Hirschsprung hastalığı ile de ilişkilidir .
Waardenburg sendromu ayrıca otozomal dominant bir kalıtım modeline sahip olabilir, bu da bozukluğun ortaya çıkması için genin sadece bir kopyasının yeterli olduğu anlamına gelir .