Fanconi sendromunun nedenleri genetik ve sonradan edinilmiş olarak iki ana gruba ayrılır. Genetik nedenler: Kalıtsal hastalıklar: Sistinozis, Wilson hastalığı, Lowe sendromu, tip 1 tirozinemi, galaktozemi, glikojen depo hastalıkları ve kalıtsal fruktoz intoleransı. Mutasyonlar: HNF4A genindeki spesifik bir mutasyon, böbreklerde proksimal tübüllerin tam olarak gelişememesine neden olabilir. Sonradan edinilmiş nedenler: İlaç kullanımı: Süresi geçmiş tetrasiklinler, antiretroviral ajanlar (tenofovir, didanozin), kanser ve epilepsi ilaçları. Ağır metaller: Kurşun ve cıva zehirlenmesi. Sistemik hastalıklar: Multipl miyelom, belirsiz öneme sahip monoklonal gammopati. Otoimmün hastalıklar: Fanconi sendromu, bazı otoimmün hastalıklara ikincil veya üçüncül olarak ortaya çıkabilir.