Mutasyonu etkileyen faktörler iki ana kategoriye ayrılır: içsel (endojen) ve dışsal (eksojen) faktörler. İçsel faktörler şunlardır: - DNA replikasyon hataları: DNA polimeraz enziminin DNA'yı kopyalarken yaptığı hatalar. - Doğal süreçler: Hücrenin yaşlanması ve onarım mekanizmalarının verimliliğinin düşmesi gibi doğal süreçler. Dışsal faktörler ise şunlardır: - Radyasyon: Güneşten gelen UV ışınları, kozmik radyasyon, X-ışınları ve radyoaktif maddelerle temas. - Kimyasal maddeler: Sigara dumanındaki toksinler, endüstriyel kimyasallar, tarım ilaçları ve ağır metaller. - Virüsler ve toksinler: Konak hücrelerin DNA'sını kullanarak çoğalabilen bazı virüsler ve bakteriler. - İklim ve sıcaklık: Ani sıcaklık değişimleri veya yüksek sıcaklığa uzun süre maruz kalma.