Prebiyotikler en çok şu besinlerde bulunur: Meyveler: Muz, elma, armut, kayısı, şeftali, üzüm. Sebzeler: Soğan, sarımsak, pırasa, enginar, brokoli, lahana. Tahıllar ve baklagiller: Arpa, yulaf, buğday kepeği, nohut, mercimek, bezelye. Diğer: Tam tahıllı ürünler, hindiba kökü, yer elması, karahindiba yeşilleri. Prebiyotik içeren besinlerin etkisi, pişirme yöntemlerine göre değişebilir; örneğin, patatesin pişirilmesi dirençli nişasta içeriğini artırabilir. Prebiyotik içeren besinleri tüketirken, bağırsakların alışması için küçük miktarlarla başlanması önerilir.