Mikroorganizmalar, bitkilerin besin alımını çeşitli şekillerde artırır: Mikorizal mantarlar, bitki kökleriyle simbiyotik ilişki kurarak fosfor ve azot gibi besinlerin bitki kökleri tarafından daha iyi kullanılmasını sağlar. Rizobakteriler, baklagil bitkilerinin köklerinde azot sabitleme yaparak atmosferden doğal azot sağlar ve özellikle yonca, fasulye ve bezelye gibi bitkilerde yüksek verim sağlar. Endofitler, bitkilerin içinde yaşayarak toprağın içine hapsolmuş fosforu açığa çıkarır ve bu fosforun bitkilerin kökleri tarafından emilmesini sağlar. Trichoderma mantarı, bitki köklerini patojenlere karşı korur ve hastalıkların oluşmasını geciktirir veya engeller. Bacillus ve Pseudomonas gibi bakteriler, bitkinin bağışıklık sistemini güçlendirir, hastalık ve stres toleransını artırır. Bu mikroorganizmalar, kimyasal gübre kullanımını azaltarak daha sürdürülebilir tarım uygulamalarına katkıda bulunur.