Çölyak hastalığının kesin nedeni bilinmemektedir, ancak genetik yatkınlık ve çevresel faktörlerin kombinasyonu ile geliştiği düşünülmektedir. Çölyak hastalığını tetikleyebilecek bazı faktörler: Genetik faktörler: Çölyak hastalarının sıklıkla birinci derece akrabalarında da hastalık görülür. Beslenme şekli: Gluten içeren yiyeceklerin, özellikle buğday, arpa, çavdar ve yulaf ürünlerinin tüketimi. Gastrointestinal enfeksiyonlar: Mide ve bağırsak enfeksiyonlarının çölyak hastalığını tetikleyebileceği düşünülmektedir. Bağırsak bakterileri: Bağırsak bakterilerinin de hastalık gelişiminde rol oynayabileceği öne sürülmektedir. Stresli olaylar: Ameliyat, hamilelik, doğum, viral enfeksiyon veya şiddetli duygusal stres sonrası hastalık ortaya çıkabilir.