Proteinler

Enzimlerin yapısı zamanla yüksek sıcaklık nedeniyle bozulur. Bunun nedeni, enzimlerin protein yapılı olmasıdır.

Fibriller proteinler, polipeptit zincirinin bir eksen doğrultusunda helezonlar yaparak veya tabakalar oluşturarak uzun fibriller bir yapı oluşturduğu proteinlerdir. Başlıca fibriller proteinler şunlardır: - Keratinler: Saç, tırnak, tüy, yün, boynuz ve toynakların ana bileşenidir. - Kollajen: Tendon, kıkırdak, kas, kan damarları ve cildin bir parçasıdır, doku elastikiyetini sağlar. - Elastin: Bağ dokularının pek çoğunda, eklemlerde ve elastik fibrillerde ana yapısal element olarak bulunur. - Sklerotin: Böceklerin dış iskeletinde yer alan elastik bir proteindir.

Çiğ sütü kaynatınca kesilmesinin nedeni, sütteki bakterilerin faaliyete geçmesi ve laktozu kullanarak laktik asit üretmeye başlamasıdır. Ayrıca, sütün 90 °C'ye kadar ısıtılmaması da proteinlerin ağ tabakası oluşturmasını engeller ve sütün kesilmesine neden olur.

Pepsin, midede üretilen ve proteinlerin sindirimini başlatan bir enzim olarak görev yapar. İşe yararları: - Proteinlerin parçalanması: Pepsin, proteinleri daha küçük polipeptit zincirlerine ayırır. - Asidik ortamda çalışma: pH aralığı 1.5-2.5 civarında, yani midenin asidik ortamında en yüksek aktiviteyi gösterir. - Sindirim desteği: Yeterli mide asidiyle birlikte pepsin, proteinlerin sindirimini kolaylaştırır. Eksikliği durumunda hazımsızlık, şişkinlik ve protein emiliminde yetersizlik gibi sorunlar ortaya çıkabilir.

Proteinlerdeki amino asit (AA) sayısını bulmak için, proteinin molekül ağırlığı kullanılabilir. Bir proteinin molekül ağırlığı, içerdiği AA sayısının bir göstergesidir ve yaklaşık olarak 110 dalton/AA olarak kabul edilir.

Arkelerde DNA, hücre sitoplazmasında bulunur. Arkeler, DNA'larını karmaşık organizmalar gibi proteinlerin etrafına dolayarak paketler. DNA'nın paketlenmesi, gen ifadesine etki eder ve bu süreç, kromatin proteinleri tarafından düzenlenir.

Kuaterner karbon, diğer dört karbon atomuna bağlı olan bir karbon atomudur. Bu terim, kimya alanında kullanılır ve özellikle proteinlerin kuaterner yapısı bağlamında da geçer.

Proteinlerde sekonder yapı, polipeptid zincirinin sarmal şeklinde kıvrılması sonucu oluşur. Sekonder yapıda iki ana motif ayırt edilir: 1. α-heliks: Polipeptit omurgası, kıvrımları sağa dönen bir heliks biçiminde bükülmüştür. 2. β-yaprakları: Zig-zag katlantıların meydana gelmesiyle oluşur.

Histon proteini, ökaryot hücre yapısına sahip canlılarda bulunur. Ayrıca, bazı prokaryotlarda da (özellikle Arkelerde) histon benzeri proteinler tespit edilmiştir.

Nükleer reseptörler, hücresel fonksiyonları düzenleyen ve gen ekspresyonunu kontrol eden özel proteinlerdir. Başlıca özellikleri: - Ligand bağlanması: Hormonlar, retinoidler ve diğer lipofilik sinyal molekülleri gibi ligandların bağlanmasıyla aktif hale gelirler. - Yerleşim: Esas olarak sitosolde yer alırlar ve hücre çekirdeğine girerler. - Yapı: Üç kısımdan oluşurlar: ekstrasellüler kısım, tek transmembran kısmı ve sitoplazmik kısım. Tipleri: - Retinoid X Reseptörleri (RXR): A vitamini türevleriyle etkileşime girer. - Peroksizom Proliferatör-aktive Reseptörler (PPAR): Lipit metabolizması ve enerji homeostazında rol oynar. - Glukokortikoid Reseptörler (GR): Enflamasyonu azaltmada etkindir.

Vasküler endotelyal büyüme faktörü (VEGF), kan damarlarının oluşumunu ve büyümesini uyaran bir sinyal proteinidir. Başlıca işlevleri: - Embriyonik gelişim: Yeni kan damarlarının oluşturulmasını sağlar. - Yaralanma sonrası: Kan damarı hasarından sonra yeni damarların oluşumunu destekler. - Kas büyümesi: Egzersiz sonrası kaslarda yeni kan damarlarının oluşumunu sağlar. Hastalıklarla ilişkisi: VEGF'nin aşırı ifadesi, kanser gibi bazı hastalıkların büyümesine ve metastazına neden olabilir.

Protom, tıpta iki farklı anlamda kullanılabilir: 1. Proteinlerin İlk Formu: Bir proteinin erken veya embriyonik formunu ifade eder. 2. Tıp Terimi: Latince kökenli bir terim olup, "ilk", "baş" anlamlarına gelir.

Protein yapılı enzimlere örnek olarak şunlar verilebilir: 1. Pepsin: Mide asidinde proteinlerin parçalanmasını sağlayan bir enzimdir. 2. Tripsin: Sindirim sisteminde proteinlerin parçalanmasında görev alır. 3. Ribonükleaz (RNase): RNA moleküllerini parçalayan bir enzimdir. 4. Dehidrogenazlar: Hidrojen atomlarının transferine yardımcı olan basit enzimlerdir. 5. Lizozim: Bakteriyel hücre duvarlarını parçalayan, doğal antibakteriyel özelliklere sahip bir enzimdir.

Denatürasyon ve renatürasyon, proteinlerin yapısında meydana gelen iki önemli süreçtir. Denatürasyon, proteinlerin doğal hallerinin bozulmasıdır. Renatürasyon ise, denatürasyona uğrayan bileşiğin bağlarını bozan etkenin ortadan kalkmasıyla, yani normal koşullara geri dönmesiyle, bileşiğin eski haline geri gelmesi sürecidir.

Ubikitinasyon ve sumoylasyon, proteinlerin translasyon sonrası modifikasyonlarıdır. Ubikitinasyon, proteinleri bozunma için işaretleyen bir süreçtir. Sumoylasyon ise, SUMO (small ubiquitin-like modifier) adı verilen proteinlerin, lizin rezidülerinden proteinlere bağlanması sürecidir.

Monoklonal antikorlar (mAb'ler), biyoteknolojide önemli bir ilerlemeyi temsil eden, laboratuvarda üretilen proteinlerdir. Biyoteknoloji ise, canlı organizmalardan elde edilen ürünlerin teknolojide kullanılması ve bunlardan yararlanılmasını ifade eder. Dolayısıyla, monoklonal antikorların biyoteknolojisi, bu antikorların üretim ve kullanım alanlarını kapsayan bir alanı ifade eder. Bu alan, teşhis, tedavi ve araştırma gibi çeşitli tıbbi uygulamalarda mAb'lerin kullanımını içerir.

Kas flamentleri, kas hücrelerinin içinde bulunan ve kasılmayı sağlayan protein yapılarıdır. İki ana kas flamenti türü vardır: 1. Kalın Flament (Miyozin): Miyozin moleküllerinden oluşur ve her bir molekül iki ağır zincir ile dört hafif zincirden oluşur. 2. İnce Flament (Aktin): F-aktin, tropomiyozin ve troponin proteinlerinden oluşur. Ayrıca, titin adlı elastik bir protein de kas flamentleri arasında yer alır ve miyozin filamentlerinin düzenli dizilimini sağlar.

BAX geni, Bcl-2-associated X protein adlı bir proteini kodlayan bir gendir. Özellikleri: - Bcl-2 gen ailesinin bir üyesidir. - Apoptozis sürecini hızlandırır, yani hücrenin programlanmış hücre ölümüne gitmesini sağlar. - Ağız boşluğu kanserlerinde azalmış BAX oluşumu, kötü bir prognoza işaret eder. Kaynaklar: - Sözcük Bulucu (sozcukbul.com). - Vikipedi (tr.wikipedia.org).

Aktin ve miyozin, kas hücrelerindeki miyofibrillerin iki protein içeren filamentidir. Aktin. Esas olarak protein aktin, özellikle filamentli F-aktin'den oluşur. Her F-aktin zinciri, küresel G-aktin adı verilen bir dizi alt birimden oluşur. Her G-aktin, bir miyozin molekülünün başına bağlanabilen aktif bir bölgeye sahiptir. Her ince filament ayrıca, kas gevşediğinde ince filamentlerin aktif bölgelerini bloke eden protein olan yaklaşık 40 ila 60 molekül tropomiyozin içerir. Miyozin. Esas olarak protein miyozinden oluşur. Her miyozin molekülü, iç içe geçmiş iki zincirden oluşan bir kuyruğa ve ondan bir açıyla çıkıntı yapan çift küresel bir kafaya sahip bir golf sopası şeklindedir. Miyozin başlarının yarısı sola, yarısı da sağa açılıdır ve filamentin ortasında M-bölgesi veya çıplak bölge olarak bilinen bir alan oluşturur. Aktin ve miyozin, kas kasılmasında rol oynayan kasılma proteinleridir.

Blot testi, özellikle proteinlerin tanımlanması ve miktarının belirlenmesi için kullanılır. Başlıca kullanım alanları: - Tıbbi teşhis: HIV testi, BSE testi, tularemi ve Lyme hastalığı teşhisi gibi. - Biyokimya: Tek bir proteinin ve protein modifikasyonlarının kalitatif tespiti. - Genetik araştırmalar: Varyant Creutzfeldt–Jakob hastalığı gibi prion hastalıklarının doğrulanması. - Spor doping kontrolü: Kan dopinginin tespiti için WADA tarafından kullanılır. Blot testi yöntemleri arasında Western blot, Northern blot ve Southern blot bulunur.