Ubikutin, hücrede çeşitli işlevler görür: Proteinlerin parçalanması: Ubikutin, hatalı katlanan veya gereksiz proteinleri işaretleyerek proteozom adı verilen yapı tarafından parçalanmalarını sağlar. Hücresel konumlandırma: Proteinlerin hücre içindeki yerlerini düzenler. Aktivasyon ve inaktivasyon: Proteinlerin aktivitesini değiştirir. Protein etkileşimleri: Protein-protein etkileşimlerini teşvik eder veya önler. DNA onarımı: DNA onarım süreçlerinde rol alır. Endocitoz: Hücre içine madde alımı olan endositozda görev yapar. Histon modifikasyonu: Histon düzenlemesinde yer alır. Ayrıca, ubikutin bağışıklık sistemi sinyal iletim yollarını düzenler ve nörodejeneratif hastalıklarla ilişkilendirilir.