Histon ve histon olmayan proteinler şunlardır: Histon proteinleri. H1, H2A, H2B, H3 ve H4 olarak beş tipi bulunur. DNA paketlemesinin ilk evresinde, H1 haricindeki 4 histon proteini görev alır. Negatif yüklü DNA moleküllerine bağlanmayı kolaylaştıran bazik aminoasitler (arjinin ve lizin) içeren küçük moleküllerdir. Histon olmayan proteinler. Çoğu eksi yüklü asidik proteinlerdir. DNA replikasyonu, tamiri, gen regülasyonu ve rekombinasyonda görev yapan proteinleri içerir. Her hücrenin çok farklı histon olmayan proteinleri vardır ve bu proteinler organizmaya, hücreye ve hatta aynı hücrede zamandan zamana bile değişebilir. Ökaryotik hücrelerde DNA, histon proteinleri ve histon olmayan proteinlerle bir araya gelerek kromatin ipliğini oluşturur.