Ali Paşa Sarayı, 1911 yılında çıkan bir yangınla yok olduktan sonra, mülkiyeti İstanbul Büyükşehir Belediyesi'ne geçmiştir. 1950-1955 yılları arasında belediye tarafından yıkılan sarayın yerine, 1985 yılında Kapalıçarşı yangınında dükkanları yanan esnaflar için barakalar inşa edilmiştir. 2011 yılında, sarayın aslına uygun olarak yeniden inşa edilmesi için Dor İnşaat Taahhüt Mimarlık İthalat ve İhracat Şirketi tarafından "Ali Paşa Sarayı Restitüsyon ve Rekonstrüksiyon Projesi" hazırlanmış ve bu proje İstanbul IV Numaralı Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Bölge Kurulu tarafından onaylanmıştır.