Arke ve bakterilerin ayrı domainlerde olmasının nedeni, genetik, biyokimyasal ve yapısal farklılıklardır. Bu farklılıklar şunlardır: Hücre duvarı yapısı: Bakterilerin hücre duvarı peptidoglikan içerirken, arkelerin hücre duvarları peptidoglikan içermez ve farklı polisakaritler veya proteinlerle zenginleştirilmiş yapılar içerir. Genetik yapı: Bakterilerin DNA'sı dairesel bir yapıya sahip olup, genellikle tek bir kromozomdan oluşurken, arkelerin DNA'sı histon proteinleri ile paketlenerek daha karmaşık bir yapı gösterir. Metabolizma: Bakteriler hem aerobik hem de anaerobik solunum yapabilirken, arkeler metanojenik veya ekstrem koşullara dayanıklı metabolizma yollarına sahiptir. Habitat: Bakteriler toprak, su, insan ve hayvan vücudu gibi birçok farklı ortamda bulunurken, arkeler genellikle aşırı koşullarda, örneğin sıcak su kaynaklarında, tuzlu göllerde veya derin denizlerde yaşar.