Arkeleri ökaryotlardan ayıran bazı özellikler şunlardır: Hücre Duvarı: Arkelerin hücre duvarında peptidoglikan bulunmaz, bunun yerine sahte-peptidoglikan (pseudopeptidoglycan veya pseudomurein) bulunur. Metabolik Süreçler: Arkelerdeki metabolik süreçler, özellikle RNA'nın yazılması (transkripsiyon) ve okunması (translasyon) süreçleri, ökaryotlara benzer. Hücre Zarı: Arkelerin hücre zarında eter bağları bulunurken, bakterilerde ester bağları bulunur. Antibiyotiklere Tepki: Arkeler, kanamycin, chloramphenicol, rifampicin ve anisomycin gibi antibiyotiklere bakterilerden farklı tepkiler gösterir. DNA Başlatıcı Yapısı: Arkeler ve bakterilerde DNA kopyalanmasını başlatan (promoter) yapı farklıdır. Fotosentez: Bazı arkeler fotosentetiktir ancak klorofil kullanmadan fotosentez yaparlar. Üreme: Arkeler aseksüel biçimde ürer ve sporla üreme görülmez.