E-defter denetimi için aşağıdaki yöntemler kullanılabilir: goSAFE: E-defter üreten yazılım firmalarından bağımsız olarak, Gelir İdaresi'nin açıkladığı kurallara göre mükelleflerin e-defterlerini denetler. e-Denetmen: E-defter kayıtlarını Vergi Usul Kanunu ve diğer mevzuatlara göre otomatik olarak denetler, hataları raporlar ve düzeltme sürecini hızlandırır. E-defter denetimi ayrıca şu şekilde de yapılabilir: 1. Mükellef, e-defter ve berat dosyalarını oluşturur. 2. Uyumlu yazılım programları, dosyaların şema ve şematron kontrollerini yapar. 3. Mükellef, muhasebe kayıtlarının e-defterlere tam ve doğru aktarılıp aktarılmadığını kontrol eder. 4. E-defter ve berat dosyaları, Başkanlığa GİB e-defter uygulaması veya web servis aracılığıyla gönderilir. 5. Başkanlık, dosyaları kontrol eder ve berat dosyalarını imzalar. 6. Mükellef, GİB onaylı berat dosyalarını indirir ve e-defterlerle birlikte muhafaza eder. E-defterlerin denetiminde, kayıtların sonradan değiştirilip değiştirilmediği ve ibraz edilen dosyaların orijinal olup olmadığı da kontrol edilir.