Proteinler

Maxicell tekniği, Aziz Sancar tarafından geliştirilen ve moleküler biyolojide kullanılan bir yöntemdir. Bu teknik, bakteri hücresi içindeki kromozomun UV ışınlarının etkisiyle yok edilip plazmidin sağlam bir şekilde hücre içinde bırakılmasını içerir.

BI-1 antikoru, Bax inhibitor-1 veya testis enhanced gene transcript (TEGT) olarak da bilinir, hücresel homeostazın korunmasında önemli bir rol oynayan bir integral membran proteinidir. Özellikleri: - Hedef antijen: BI-1. - Tür reaktivitesi: İnsan, fare, sıçan. - Uygulama alanları: Western blotting (WB), immunofluorescence (IF), immunohistochemistry (IHC). - Antikor tipi: Mouse monoclonal IgG2b. Fonksiyonları: BI-1, Bcl-2 ve Bax gibi proteinlerle etkileşime girerek apoptotik sinyalleri modüle eder ve aşırı ekspresyonu durumunda apoptozu inhibe eder.

Gözde bulunan kriptokrom proteininin başlıca işlevleri şunlardır: 1. Sirkadiyen Ritmin Düzenlenmesi: Kriptokromlar, mavi ışığı algılayarak uyku-uyanıklık döngüsünü, metabolizmayı ve hormon salınımını düzenler. 2. Manyetik Alan Algısı: Bazı hayvanlarda olduğu gibi, insanlarda da kriptokromlar Dünya’nın manyetik alanını algılayarak yön bulmaya yardımcı olabilir. 3. Işığa Duyarlılık: Kriptokromlar, ışığın etkisiyle gözlerin ve beynin çevresel ışık koşullarına verdiği tepkiyi yönetir.

G-protein bağlı reseptörler (GPCR), hücre dışı bileşikleri algılayarak hücre içi sinyal iletimini (transdüksiyon) aktive eden geniş bir almaç ailesidir. Özellikleri: - Yapı: Yedi transmembran alfa sarmalı içerir ve bu nedenle "yedi transmembran parçalı" (7TM) olarak da adlandırılır. - Fonksiyon: Hücre zarından kıvrılarak yedi kez geçtikleri için bu adı almışlardır. - Bulunduğu canlılar: Sadece ökaryotlarda bulunur. GPCR'lerin bazı işlevleri: - Görme, tat ve koku duyuları. - Davranış ve ruh halinin düzenlenmesi. - Savunma tepkisi ve bağışıklık sisteminin düzenlenmesi. - Otonom sinir sistemiyle iletişim. GPCR'ler, ilaçların yaklaşık %40'ının hedefidir.

Prostetik grup tıpta, bir proteine sıkıca bağlı, diyalizle uzaklaştırılamayan, protein olmayan kimyasal maddeler anlamına gelir. Bu terim ayrıca, hemoglobindeki heme (demir) grubu gibi, bulunduğu proteinin yapısını koruyabilmesini sağlayan amino asit kompozisyonunun dışındaki yapılar için de kullanılır.

Histon ve histon olmayan proteinler, kromatinin iki ana bileşenidir. Histon proteinleri: - Tanım: Kromatinin temel protein bileşenidir. - Özellikler: DNA'nın sarıldığı ve stabilize edildiği makaralar gibi davranır, pozitif yüklüdür ve DNA'ya kolayca bağlanır. - Türleri: Ökaryotlarda H1, H2A, H2B, H3 ve H4 olmak üzere beş ana histon türü vardır. Histon olmayan proteinler: - Tanım: Kromatinde DNA ile ilişkili diğer proteinlerdir. - Özellikler: Genellikle eksi yüklü asidik proteinlerdir, DNA replikasyonunda, tamirinde, gen düzenlemesinde ve rekombinasyonda görev yaparlar.

Aktin adlı protein, hücrelerde çeşitli işlevler yerine getirir: 1. Hücre İskeleti: Aktin filamentleri, hücreye mekanik destek sağlar ve hücrenin şeklini belirler. 2. Hücre Hareketi: Aktin, hücrenin hareket etmesine olanak tanır ve psödopod, lamellipod gibi yapılar aracılığıyla hücrenin bir bölümünün hareketini koordine eder. 3. Kas Kasılması: Kas hücrelerinde, miyozin ile birlikte kasılma eylemini gerçekleştirir. 4. Sitoplazma Akıntısı: Sitoplazmanın hücre içinde akıntısında rol alır. 5. Hücre Bölünmesi: Hücre bölünmesi sırasında hücrenin ekvatorunda boğum oluşmasında görev alır.

Glikasyon, vücuttaki proteinlerin, lipidlerin ve nükleik asitlerin enzimatik olmayan reaksiyonları sonucu oluşması, sağlık açısından önemlidir çünkü: 1. Kronik Hastalıkların Gelişimi: Glikasyon ürünleri (AGE), diyabet, kardiyovasküler hastalıklar, böbrek hastalıkları ve nörodejeneratif hastalıklar gibi birçok kronik hastalığın gelişiminde rol oynar. 2. Hücre ve Doku Hasarı: AGE'ler, vücut hücre ve dokularında birikerek diğer protein ve lipit molekülleri ile çapraz bağlar yapar, bu da inaktivasyon ve fonksiyon bozukluğuna yol açar. 3. Oksidatif Stres ve İnflamasyon: AGE'lerin aşırı birikimi, yüksek seviyelerde oksidatif stres ve inflamasyona neden olur. Bu nedenle, glikasyon süreçlerinin kontrolü, sağlıklı bir yaşam sürdürebilmek için kritik öneme sahiptir.

Distrofin proteini, kas dokusunda önemli işlevler üstlenir: 1. Yapısal Destek: Kas hücrelerinin zarının iç kısmını destekleyerek sarkolemmanın bütünlüğünü korur. 2. Sinyal İletimi: Sarkolemma ile hücre içi protein kompleksleri arasında bağlantı sağlayarak sinyal iletimini düzenler. 3. Kalsiyum Dengesi: Kas kasılması sırasında kalsiyum iyonlarının düzgün bir şekilde salınımını ve geri alınımını kontrol eder, böylece kas kasılmasının kontrolünü sağlar. 4. Enerji Metabolizması: Mitokondrilerin kas hücrelerine etkin bir şekilde enerji sağlamasına yardımcı olur.

Proteinlerin birincil ve ikincil yapıları şu şekilde tanımlanır: 1. Birincil Yapı: Proteinin amino asit dizisini ifade eder. 2. İkincil Yapı: Polipeptid zincirinin düzenli sarmallar (α-sarmal) ve tabaka yapıları (β-plaka) halindeki katlanma motifleri ve düzensiz dönüşlerini içerir.

Biyomakromoleküller, canlı organizmaların yapısında bulunan büyük ve karmaşık organik moleküllerdir. Dört ana biyomakromolekül sınıfı vardır: 1. Proteinler: Aminoasitlerin peptid bağı ile birleşmesiyle oluşan makro moleküllerdir. 2. Karbohidratlar (Şekerler): Hidrokarbonlar, canlı için birincil enerji kaynağı olup, yapısal görevleri de vardır. 3. Lipitler (Yağlar): Birçok canlı organizmada enerjinin başlıca depo şeklidir. 4. Nükleik Asitler: DNA ve RNA olarak bilinirler ve hücrelerin kuru ağırlığının %5-15'ini oluştururlar.

Mitokondride aşağıdaki proteinler sentezlenir: 1. ATP sentetaz: Mitokondrinin iç zarında bulunan ve ATP üretimini gerçekleştiren protein. 2. Permeaz: Metabolitlerin matrikse giriş çıkışını düzenleyen transport proteinleri. 3. Oksidasyon reaksiyonlarını gerçekleştiren enzimler ve sitokromlar: Elektron transport zincirinde yer alan proteinler. 4. Mitokondriyal DNA'dan kodlanan proteinler: Mitokondriyal genom tarafından kodlanan ve organel içerisinde sentezlenen proteinler.

Arkelerde histon yerine histon benzeri proteinler bulunur.

Plazmada bulunan başlıca proteinler şunlardır: 1. Albumin: Plazma proteinlerinin %57'sini oluşturur ve kan hacminin korunmasına yardımcı olur. 2. Globulinler: Plazma proteinlerinin %38'ini oluşturur ve antikorları, taşıyıcı proteinleri içerir. 3. Fibrinojen: Plazma proteinlerinin %4'ünü oluşturur ve pıhtılaşma sürecinde görev alır. 4. Protrombin: Son 2 plazma proteinlerinden biridir ve ayrıca pıhtılaşma sürecine yardımcı olur. Ayrıca plazmada elektrolitler, besinler, atıklar ve hormonlar gibi diğer katı maddeler de bulunur.

Progresif supranükleer palsi (PSP) hastalığının kesin nedeni bilinmemektedir. Araştırmalar, PSP'nin beyinde tau proteinlerinin anormal birikimi sonucu ortaya çıktığını göstermektedir. Ayrıca, genetik ve çevresel faktörlerin de hastalığın gelişiminde rol oynayabileceği düşünülmektedir.

Miyoglobin ve hemoglobin arasındaki temel farklar şunlardır: 1. Yapısal Farklılıklar: - Hemoglobin, dört alt birimden oluşan bir protein yapısına sahiptir ve her bir alt birim bir heme grubu içerir. - Miyoglobin ise tek bir polipeptit zincirinden oluşur ve sadece bir heme grubu taşır. 2. Fonksiyonel Farklılıklar: - Hemoglobin, kırmızı kan hücrelerinde bulunur ve akciğerlerden dokulara oksijen taşımak için tasarlanmıştır. - Miyoglobin, kas dokusunda bulunur ve oksijeni depolamak için işlev görür, özellikle yoğun egzersiz sırasında kasların ihtiyaç duyduğu oksijeni hızla serbest bırakma yeteneğine sahiptir. 3. Oksijen Bağlama Kapasitesi: - Hemoglobin, birden fazla oksijen molekülü bağlayabilir ve oksijeni daha yüksek bir kapasiteyle taşır. - Miyoglobin, sadece bir oksijen molekülü bağlayabilir ancak yüksek oksijen tutma kapasitesine sahiptir. 4. Bulundukları Yerler: - Hemoglobin, esas olarak vücutta dolaşan oksijenin taşınmasından sorumludur. - Miyoglobin, kalp kası ve iskelet kaslarında yüksek oranda bulunur.

İnsan biyokimyası ve organik kimya yakından ilişkilidir, çünkü biyokimya, canlı organizmalarda bulunan kimyasal bileşikleri ve bunların işlevlerini incelerken, organik kimya karbon elementini içeren bileşiklerin yapısını, özelliklerini ve tepkimelerini araştırır. Bu iki bilim dalının insan hayatındaki bazı ortak konuları şunlardır: Proteinlerin yapısı ve görevleri. Biyokimya, proteinlerin canlılardaki rolünü anlamamıza yardımcı olur. Besinlerin enerjiye dönüştürülmesi. Bu süreç, organik kimyanın ilgi alanına giren metabolizma ile ilgilidir. İlaçların keşfi ve üretimi. Organik kimya, yeni ilaçların temel bileşenlerini sağlar.

Etin atom yapısı, tüm maddelerin atomlardan oluşması ilkesine dayanır. Bir atom, proton, nötron ve elektron gibi daha küçük parçacıklardan oluşur. Et de bu temel yapı taşlarından oluşur, ancak etin spesifik atom yapısı, içerdiği proteinler, yağlar ve su gibi moleküllerin bileşimine bağlıdır.

İzo ve izoform farklı bağlamlarda kullanılan terimlerdir: 1. İzo: Bu terim, "aynı" veya "benzer" anlamına gelir ve çeşitli bilimsel alanlarda kullanılır. 2. İzoform: Proteinlerin, amino asit dizisi bakımından çok az farklı olan, aynı veya farklı genler tarafından kodlanan fakat genel işlevleri aynı olan çeşitli biçimleridir.

Gs ve Gq — G-proteinlerinin alt tipleridir ve farklı işlevlere sahiptirler: - Gs, adenilil siklazı uyararak cAMP seviyesini artırır. - Gq, fosfolipaz C'yi uyararak IP3 ve DAG seviyesini artırır. Bu proteinler, hücre zarında bulunan ikinci haberci oluşturan enzimleri veya iyon kanallarını aktive ederek, hormonların, otokoidlerin ve nörotransmitterlerin etkilerini iletmede önemli rol oynarlar.