Denitrifiye edici bakterilerden bazıları şunlardır: Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas stutzeri; Paracoccus denitrificans; Thiobacillus denitrificans; Bacillus licheniformis; Achromobacter, Acinetobacter, Aeromonas, Alcaligenes, Aquaspirillum, Azospirillum, Bacillus, Beggiatoa, Chromobacterium, Clostridium, Desulfovibrio, Erythrobacter, Gallionella, Halobacterium, Halomonas, Hyphomicrobium, Neisseria. Denitrifikasyon, bir solunum olayı olduğundan, enerji kaynağı olarak oksitlenebilir bir substrat ya da elektron vericisine ihtiyaç vardır.