Gram boyama yöntemi şu şekilde uygulanır: 1. Preparat Hazırlama: Lam üzerine 1 damla saf su damlatılır, mikroorganizma öze ile alınıp homojen yayılır ve bek alevi ile kurutulur. 2. Kristal Viyole Boyama: Preparat kristal viyole solüsyonu ile yıkanır ve 1 dakika beklenir, ardından distile su ile yıkanır. 3. Lugol ile Sabitleme: Preparat lugol ile yıkanır ve 1 dakika beklenir, ardından distile su ile yıkanır. 4. Alkol ile Renksizleştirme: Alkolle 15 saniye yıkanır. 5. Safranin ile Boyama: Safranin veya sulu fuksin ile 30 saniye boyanır. 6. Yıkama ve Kurutma: Bol su ile yıkanarak boya giderilir ve preparat kurumaya bırakılır. 7. İnceleme: 100x objektifte incelemek için immersiyon yağı damlatılır. Mor renkli görülen mikroorganizmalar gram pozitif, pembe-kırmızı görülenlerde gram negatif olarak değerlendirilir. Gram boyama için gerekli olan tüm çözeltiler hazır ticari kitler halinde de pazarlanmaktadır. Gram boyama işlemi, doğru uygulanmadığında yanıltıcı sonuçlar verebilir; bu nedenle, yöntemin doğruluğunu artırmak için taze kültür kullanımı, dikkatli sabitleme işlemi ve boyaların kalitesi gibi faktörlere dikkat edilmelidir.