Mutlu Altuğ, Karşıyaka Spor Kulübü'ndeki görevinden iki ayrı nedenle istifa etmiştir: 1. Disiplin Cezası: 2018 yılında, yönetim kurulunun çarpıcı usulsüzlük iddialarıyla ilgili olarak kulüp tüzüğünün 42. maddesi uyarınca disiplin kuruluna sevk edilmiş, ancak disiplin kurulu tarafından herhangi bir disiplin cezası verilmemiştir. 2. Mali Genel Kurul Öncesi: 2017 yılında, şirketleşme görüşmeleri için yapılacak mali genel kurul öncesi, tarihi borç batağından kurtulmak için transfer yasaklısı futbol takımına dışarıdan ortak bulma umutlarının sonuç vermemesi nedeniyle istifa kararı almıştır.