Antibiyotikler, bağırsak florasını bozarak ishal yapabilir. Bu durum, genellikle şu şekilde gerçekleşir: antibiyotikler, hem zararlı hem de yararlı bakterileri öldürerek sindirim sisteminin düzenli işleyişini aksatır. Antibiyotik ishali ile en sık ilişkilendirilen antibiyotikler arasında klindamisin, penisilinler, sefalosporinler ve kinolonlar bulunur. Antibiyotik ishali riski daha önce bu tür bir ishal geçirmiş olanlarda, 65 yaş ve üzeri bireylerde, bağırsak ameliyatı geçirmiş olanlarda ve hastanede kalmış kişilerde daha yüksektir. Ciddi antibiyotik ishali durumunda, antibiyotiğin kesilmesi veya değiştirilmesi gerekebilir. Bu nedenle, ishal belirtileri ortaya çıktığında bir doktora başvurmak önemlidir.