Matrix'in felsefesi çeşitli temel felsefi temalar etrafında şekillenir: 1. Gerçeklik ve Algı: Film, gördüğümüz ve algıladığımız her şeyin bir simülasyon olabileceğini öne sürer. 2. İllüzyon ve İdeoloji: Gerçekliğin insanların zihinlerinde yaratılmış bir illüzyon olduğu fikri işlenir. 3. Platon'un Mağara Alegorisi: Neo'nun Matrix'ten uyanışı, Platon'un mağaradan çıkan filozofu gibi, illüzyondan sıyrılarak gerçek bilgiye ulaşma arayışını sembolize eder. 4. Özgür İrade ve Determinizm: Neo'nun kaderini ve seçimlerini sorgulaması, özgür irade konusunda önemli bir tartışmayı başlatır. 5. Postmodernizm ve Simülasyon Teorisi: Film, hakikatin göreceliliğini ve simülasyonun gerçeklikten ayırt edilemez olduğunu vurgular. Ayrıca, Matrix'te varoluşçuluk, nihilizm ve transhümanizm gibi akımlar da ele alınır.