Matrix filminin felsefesi, çeşitli temel felsefeleri içinde barındırır: Gerçeklik ve algı: Film, insanların içinde yaşadığı dünyanın gerçek olup olmadığını sorgular. Platon'un mağara alegorisi: Neo'nun uyanışı, Platon'un mağara alegorisine benzer şekilde, gerçek dünyanın bir yanılsama olduğu fikrini yansıtır. Özgür irade ve kader: Film, kaderin mi yoksa özgür iradenin mi daha baskın olduğunu tartışır. Zihin ve beden ilişkisi: Matrix'te bedenin hareket etmesi için zihnin ikna olması gerekir, bu da zihin-beden ayrımına işaret eder. Simülasyon teorisi: Filozof Nick Bostrom'un simülasyon teorisine göre, yaşadığımız evren bir simülasyon olabilir. Ayrıca, Matrix, Hindu Vedanta öğretisindeki "Maya" kavramına da gönderme yapar; bu kavram, dünyanın bir yanılsama olduğunu ifade eder.