Genotip x çevre interaksiyonu, bir çevrede görülen değişikliğin fenotipte ortaya çıkışının, tüm genotipler ve çevreler için aynı olmaması durumudur. Bu interaksiyon, genotip ve çevre arasında rol oynayan bir etki olarak tanımlanır ve varlığında fenotip ile genotip arasındaki korelasyon zayıflar, yani fenotipin genotipi yansıtma derecesi azalır. Genotip x çevre interaksiyonunu tespit etmek için çeşitli yöntemler kullanılır, bunlar arasında: Genotiplerin birkaç yerde birkaç yıl boyunca denenmesi; Doğrusal regresyon, faktör, ana bileşen ve eklemeli ana etki gibi parametrik analiz metotları; Rank analizi gibi parametrik olmayan analiz metotları bulunur.