CDX2, memelilerde ince ve kalın bağırsağın gelişiminde ve bağırsak epitel hücrelerinin farklılaşmasında rol oynayan bir transkripsiyon faktörüdür. Başlıca işlevleri: Bağırsak hücrelerinin proliferasyonu, farklılaşması, adezyonu ve apoptozisi gibi süreçleri düzenler. Bağırsak epitelini farklılaştırır, MUC2, sukraz, izomaltaz ve karbonik anhidraz I gibi bağırsaklara özgü proteinlerin transkripsiyonunu aktive eder. Epitel proliferasyonunu inhibe eder, DNA hasarı durumunda hücre döngüsünü durduran bir cdk inhibitörü olan WAF1/p21'in ekspresyonunu artırır. CDX2, özellikle kolon ve rektum adenokarsinomalarının tanısında kullanılan spesifik ve hassas bir belirteçtir.