Mikrop çeşitleri şunlardır: 1. Bakteriler: Tek hücreli organizmalar olup, sindirim sistemini çalışır halde tutar ve zararlı bakterilerin içeri girmesini önler. 2. Virüsler: Genetik materyal içeren ve üremek için başka bir hücrenin yapılarını kullanan mikroskobik patojenlerdir. 3. Mantarlar: Çok hücreli, bitki benzeri organizmalar olup, nemli, sıcak ortamlarda bitkilerden, yiyeceklerden ve hayvanlardan beslenirler. 4. Protozoalar: Tek hücreli, çekirdeği ve diğer hücre yapılarını içeren, nemi seven organizmalardır. Ayrıca, arkealar ve protistler gibi diğer mikrop türleri de bulunmaktadır.