Histon proteinleri, nükleozom oluşumundaki rollerine göre iki kategoriye ayrılmış beş sınıfa ayrılır: 1. Nükleozomal histonlar. 2. H1 histonları. Ayrıca, kanonik olmayan histonlar olarak da adlandırılan histon varyantları da vardır. Histon proteinleri, lizin ve arginin içeriklerine göre de şu şekilde sınıflandırılabilir: H1 (H5 de denir), H2A, H2B, H3, H4 ve arkeal histonlar.