Maya ve bakteriler, Carl Linnaeus tarafından 1735 yılında açıklanan binomiyel sistemle sınıflandırılır ve adlandırılır. Bakteriler, aşağıdaki özelliklere göre sınıflandırılır: Şekline göre: Çubuk şeklinde olanlar, yuvarlak olanlar, spiral olanlar, virgül şeklinde olanlar. Boyanmasına göre: Boyanan bakteriler Gram (+), boyanmayan bakteriler Gram (-). Beslenmesine göre: Ototrof, heterotrof. Solunumuna göre: Aerob, anaerob, geçici anaerob veya geçici aerob. Mayalar ise şu şekilde sınıflandırılır: Cins ve tür adına göre: Her organizma iki isimle tanımlanır; cins ismi büyük harfle, tür ismi küçük harfle yazılır. Gelişime etki eden faktörlere göre: Su aktivitesi, hava (oksijen), pH, sıcaklık, besi yerinin ozmotik basıncı, ışık ve metabolizma ürünlerinin etkisi. Mikroorganizmalar ayrıca, morfolojik, biyokimyasal, kültürel, serolojik, kimyasal, patolojik ve genetik özelliklerine göre de sınıflandırılır.