Mikroorganizma çeşitleri şunlardır: 1. Bakteriler: Prokaryot hücre yapısına sahip, çevremizde en yaygın bulunan mikroorganizmalardır. 2. Virüsler: Canlı olmayan yapılarla canlılar arasında bir geçiş olarak kabul edilir, çoğalmak için bir konağa ihtiyaç duyarlar. 3. Mantarlar: Mikroorganizma boyutunda olan mantarlar genellikle maya veya küf formundadır. 4. Protozoalar: Ökaryot hücre yapısına sahip, genellikle su ortamlarında yaşayan mikroorganizmalardır. 5. Algler: Fotosentez yaparak oksijen üreten, mikroskobik boyuttaki su ekosistemlerinde önemli rol oynayan mikroorganizmalardır.