Arke ve bakteri arasındaki temel farklar şunlardır: 1. Hücre Duvarı Yapısı: Bakterilerin hücre duvarı peptidoglikan adı verilen bir bileşikten oluşurken, arkelerin hücre duvarları peptidoglikan içermez. 2. Genetik ve Moleküler Yapı: Arkeal DNA, histon proteinleri ile paketlenerek daha karmaşık bir yapıya sahipken, bakterilerin DNA'sı dairesel bir yapıya sahiptir. 3. Metabolizma ve Enerji Üretimi: Bakteriler hem aerobik hem de anaerobik solunum yapabilirken, arkeler genellikle metanojenik veya ekstrem koşullara dayanıklı metabolizma yollarına sahiptir. 4. Habitat: Bakteriler toprak, su, insan ve hayvan vücudu gibi birçok farklı ortamda bulunurken, arkeler genellikle aşırı koşullarda, örneğin sıcak su kaynaklarında, tuzlu göllerde veya derin denizlerde yaşar. 5. Biyokimyasal Farklılıklar: Bakteri proteinleri genellikle daha basit yapıda iken, arkelerin lipidleri eter bağları ile birbirine bağlanır ve bu da yüksek sıcaklıklara ve asidik ortamlara karşı dayanıklılık sağlar.