AMA-M2 testi, özellikle Primer Biliyer Siroz/Kolanjit (PBC) hastalığının tanısında kullanılır. PBC, safra kanallarını örten epitel hücrelerine karşı otoimmün bir reaksiyon sonucu ortaya çıkan, safra kanallarında ilerleyici tahribat ve tıkanıklık meydana getiren bir hastalıktır. AMA-M2 antikorlarının varlığı, PBC lehine bir bulgu olarak değerlendirilir ve bu antikorlar, PBC hastalarının %95-98'inde bulunur. Ancak, nadir durumlarda, PBC hastalığı olan bir kişinin serum AMA düzeyi düşük olabilirken, AMA pozitif bir kişinin PBC hastası olmaması da mümkündür.