RNA

RNA çeşitleri: Haberci RNA (mRNA). Taşıyıcı RNA (tRNA). Ribozomal RNA (rRNA). Diğer RNA türleri: Heterojen nüklear RNA (hnRNA). Küçük nüklear RNA (snRNA). Mikro RNA (miRNA). Küçük interferans RNA (siRNA). Piwi-etkileşimli RNA (piRNA). Yönlendirici RNA (gRNA). Ribonükleaz P (RNaz P). Ribonükleaz MRP (RNaz MRP). Y RNA. Telomeraz RNA. Sinyal tanıma taneciği RNA'sı (Signal recognition particle RNA).

DNA (Deoksiribonükleik Asit) ve RNA (Ribonükleik Asit) arasındaki bazı temel farklar şunlardır: Yapı ve Şeker Tipi: DNA, çift sarmallı bir yapıya sahiptir ve nükleotitleri deoksiriboz adı verilen bir şeker içerir. RNA, genellikle tek sarmallıdır ve riboz şekeri içerir. Baz Yapısı: DNA, adenin (A), timin (T), sitozin (C) ve guanin (G) bazlarını içerir. RNA, adenin (A), urasil (U), sitozin (C) ve guanin (G) bazlarını içerir; timin yerine urasil bulunur. İşlevsel Farklar: DNA, genetik bilginin depolanmasından ve aktarılmasından sorumludur. RNA, protein sentezi, hücre içi haberleşme ve gen düzenlemesinde rol oynar. Bulunduğu Yer: DNA, çoğunlukla hücre çekirdeğinde bulunur. RNA, çekirdek, sitoplazma ve ribozomlarda bulunabilir. Kararlılık: DNA, daha kararlı ve uzun ömürlüdür. RNA, daha kısa ömürlüdür ve daha hızlı parçalanır.

Evet, virüslerde DNA ve RNA bulunur. Virüsler, DNA veya RNA içeren, hücre içi ve dışı durumda bulunabilen genetik elementlerdir. DNA virüsleri: Çift iplikli veya tek iplikli DNA içerebilirler. RNA virüsleri: Tek iplikli veya çift iplikli RNA içerebilirler. Ancak, bir virüs aynı anda hem DNA hem de RNA içermez; bunlardan birini taşır.

Deoksiriboz ve riboz arasındaki temel fark, deoksiribozun yapısında bir oksijen atomunun eksik olmasıdır. Riboz: RNA molekülünün yapısında bulunur ve formülü C5H10O5'tir. Deoksiriboz: DNA molekülünde bulunur ve formülü C5H10O4'tür. Bu fark, deoksiribozun 2. pozisyonundaki hidroksil grubunun hidrojen ile yer değiştirmesiyle oluşur.

Nükleotit, bir fosfat, beş karbonlu bir şeker ve bir azotlu organik bazdan oluşan kimyasal bir bileşiktir. Nükleotitin yapısı şu kısımlardan oluşur: Organik baz. Pentoz. Fosfat (fosforik asit). Organik baz ile pentozun beraberce oluşturduğu yapıya nükleozit, organik baz ile pentoz arasında glikozit bağı, pentoz ile fosfat arasında ise fosfoester bağı (ester bağı) bulunur. Nükleotitler, nükleik asitlerin yapı taşları olarak en yaygın şekilde bulunur.

RNA izolasyonu için kullanılan bazı yöntemler şunlardır: Trizol ile RNA izolasyonu yöntemi. Guanidine tiyosiyanat yöntemi. Proteinaz K yöntemi. Sezyum klorid gradient pürifikasyonu. Ayrıca, ticari kitler de RNA izolasyonu için kullanılmaktadır. RNA izolasyonu sırasında, RNazlardan korunmak için özel önlemler alınmalıdır; bu nedenle, RNaz içermeyen malzemeler ve DEPC ile hazırlanmış solüsyonlar kullanılmalıdır.

Deoksiriboz, DNA (deoksiribonükleik asit) yapısında bulunur. DNA: Prokaryot hücrelerin sitoplazmasında, ökaryot hücrelerin çekirdek, mitokondri ve kloroplast organelinde bulunur. RNA: Prokaryot hücrelerde sitoplazma ve ribozomda; ökaryot hücrelerde ise çekirdek, kloroplast, mitokondri, ribozom ve sitoplazmada bulunur.

MEG3'ün hangi kanserde yükseldiğine dair bir bilgi bulunamamıştır. Ancak, MEG3'ün çeşitli kanser türlerinde farklı etkileri olduğu bilinmektedir: Prostat kanseri. Bladder kanseri. Servikal kanser. Akciğer kanseri. MEG3'ün kanserdeki rolü hakkında daha fazla bilgi için aşağıdaki kaynaklara başvurulabilir: "The mRNA level of MEG3 (3.19-, 1.90-, and 1.90-fold) and TLR3 (6.17-, 5.75- and 2.27-fold) was significantly increased in PC-3, LNCaP and HUVEC cells, respectively after Poly I:C stimulation (p<0.05)" (dergipark.org.tr). "Long noncoding RNA MEG3 inhibits breast cancer growth via upregulating endoplasmic reticulum stress and activating NF-κB and p53" (pubmed.ncbi.nlm.nih.gov). "Long non-coding RNA MEG3 inhibits NSCLC cells proliferation and induces apoptosis by affecting p53 expression" (link.springer.com).

RNA izolasyonu için kullanılan bazı lizis solüsyonları: Guanidyum tiyosiyanat içeren solüsyonlar. Hipotonik solüsyonlar. Lizis buffer (Hirt buffer). RNA izolasyonu sırasında kullanılan tüm solüsyonlar, RNaz aktivitesini yok eden dietilpirokarbonat (DEPC) ile hazırlanmalıdır.

Saç tokası yapısı, özellikle transfer RNA (tRNA) ve haberci RNA (mRNA) gibi RNA türlerinde yaygındır. tRNA, üç gerçek saç tokası içerir ve yonca yaprağı şeklinde bir yapıya sahiptir. Ayrıca, ribozimlerde de saç tokası yapıları tanımlanmıştır. Saç tokaları, RNA'nın ikincil yapısının bir unsuru olup, tek zincirli RNA'nın kendi üzerinde katlanması ve tamamlayıcı dizilerin birbirine bağlanmasıyla oluşur.

Fosfodiester bağı, DNA ve RNA adı verilen nükleik asitlerde bulunur. Bu bağ, ardışık nükleotit şekerlerinden birinin 5'-hidroksil grubunun, diğerinin 3'-hidroksil grubuna fosfat köprüsü ile bağlanmasıyla oluşur.

mRNA, "mesajcı ribonükleik asit" anlamına gelir. mRNA'nın bazı anlamları: Kimya ve biyoloji terimi. Aşı bileşeni.

rRNA, tRNA ve mRNA sıralaması: 1. Ribozomal RNA (rRNA): Ribozomların yapısında yer alır ve protein sentezinde önemli rol oynar. 2. Transfer RNA (tRNA): Protein sentezinde kullanılacak amino asitleri ribozoma taşır ve adaptör molekül görevi görür. 3. Mesajcı RNA (mRNA): DNA'daki genetik bilgiyi ribozoma taşır ve protein sentezi için kalıp görevi görür. Bu sıralama, protein sentezindeki işlevlerine göre belirlenmiştir.

Pirimidinler, biyolojik sistemde bulunan üç nükleotitte yer alır: sitozin, timin ve urasil. Sitozin, hem DNA'da hem de RNA'da bulunur. Timin, yalnızca deoksiribonükleik asitte (DNA) bulunur. Urasil, yalnızca ribonükleik asitte (RNA) bulunur.

Evet, DNA ve RNA hem ökaryotlarda hem de prokaryotlarda (bakteriler ve arkeler) bulunur. Ökaryotlarda: DNA, çekirdek, mitokondri ve kloroplastlarda bulunur. RNA, çekirdek, sitoplazma, ribozom, kloroplast ve mitokondride bulunur. Prokaryotlarda (bakteriler ve arkeler): DNA, sitoplazmada bulunur. RNA sentezi de sitoplazmada gerçekleşir.

Hayır, ribozom ve RNA aynı şey değildir. Ribozom, protein sentezinin gerçekleştiği hücresel bir yapıdır ve ribozomal RNA (rRNA) ile proteinlerden oluşur. RNA ise, DNA'daki genetik bilginin ifade edilmesini sağlayan düz zincirli polimerik bir moleküldür ve ribozomal RNA (rRNA), transfer RNA (tRNA) ve mesajcı RNA (mRNA) gibi farklı türleri bulunur.

Transkripsiyonda uzama, RNA polimerazın, DNA şablon zinciri boyunca ilerleyerek büyüyen RNA zincirinin 3' ucuna nükleotitler eklemesi ile gerçekleşir. Uzama süreci şu şekilde ilerler: Kalıp iplik seçimi. Nükleotit eklenmesi. DNA'nın çözülmesi ve sarılması. Prokaryotlar ve ökaryotlarda uzama farklılıkları: Prokaryotlar. Ökaryotlar.

siRNA (küçük engelleyici RNA), gen ifadesini baskılayan bir moleküldür ve çeşitli alanlarda kullanılır: Genetik araştırmalar: siRNA, hedeflenen genlerin ifadesini baskılayarak gen fonksiyonlarını araştırmada kullanılır. Hastalık tedavisi: siRNA teknolojisi, özellikle kanser gibi genetik bozukluklara neden olan hastalıkların tedavisinde potansiyel sunar. İlaç geliştirme: siRNA, ilaç keşfi sürecinde, ilgili genin ifadesini engelleyerek potansiyel tedavi yöntemleri ve ürünler geliştirmek için kullanılır. siRNA, hücre içine etkili bir şekilde ulaşabilmesi için teslimat sistemlerinin geliştirilmesini gerektiren bir teknolojiye sahiptir.

T7 RNA polimeraz, T7 bakteriyofajına ait bir RNA polimerazdır. Özellikleri: Yönlülük: RNA'yı 5'→ 3' yönünde oluşturur. Özgüllük: T7 promotör dizileri için yüksek özgüllüğe sahiptir. Hata oranı: Çok düşüktür. Moleküler ağırlık: 99 kDa'dır. Ek aktiviteler: Tek iplikli DNA ve RNA üzerinde eksonükleaz etkinliğine de sahiptir. Kullanım alanları: Biyoteknoloji uygulamalarında, vektör içine klonlanmış DNA'nın transkripsiyonu için kullanılır. mRNA ve sgRNA sentezinde kullanılır.

RNA polimeraz, RNA sentezini şu şekilde başlatır: 1. Promotör tanıma: RNA polimeraz, DNA molekülü üzerindeki transkripsiyon başlangıç bölgeleri olan promotörleri arar. 2. DNA'nın açılması: RNA polimeraz, çift zincirli DNA'nın kısa bir bölgesini açarak tek zincirli DNA kalıbını oluşturur. 3. RNA sentezi: Kalıp diziye uygun olarak, doğru nükleotid trifosfatları seçer ve bunlar arasındaki fosfodiester bağını kurar. Prokaryotlarda, RNA polimeraz, sigma faktörü ile birlikte promotör bölgeye bağlanarak transkripsiyonu başlatır. RNA polimeraz, bir primere ihtiyaç duymadan RNA sentezini başlatabilir.