RNA

RNA'nın üç ana çeşidi vardır: 1. Messenger (Mesajcı) RNA (mRNA). 2. Ribozomal RNA (rRNA). 3. Taşıyıcı RNA (tRNA). Ayrıca, küçük nükleer RNA (snRNA), küçük nükleolar RNA (snoRNA), mikroRNA (miRNA) ve küçük müdahaleci RNA (siRNA) gibi daha birçok RNA türü de vardır.

RNA (Ribonükleik Asit) ve DNA (Deoksiribonükleik Asit) arasındaki temel farklar şunlardır: 1. Yapısal Farklılıklar: - DNA, deoksiribonükleotitlerden oluşurken, RNA ribonükleotitlerden oluşur. - DNA çift sarmallı bir yapıya sahipken, RNA genellikle tek sarmallıdır. - DNA'da timin (T) bazı bulunurken, RNA'da urasil (U) bazı bulunur. 2. Fonksiyonel Farklılıklar: - DNA, genetik bilgiyi depolamak ve nesilden nesile aktarmak amacıyla kullanılır. - RNA, genetik bilginin ifade edilmesi ve protein sentezinde rol oynar. 3. Yerleşim Farklılıkları: - DNA, hücrenin çekirdeğinde bulunur (prokaryotlarda sitoplazmada da bulunabilir). - RNA, hem çekirdek içinde hem de sitoplazmada yer alabilir. 4. Kararlılık ve Dayanıklılık: - DNA, kimyasal olarak daha kararlı bir yapıya sahiptir ve genellikle daha uzun ömürlüdür.

RNA (Ribonükleik Asit), genetik bilgiyi taşıyan ve çeşitli biyolojik işlevlerde rol oynayan bir moleküldür. Kısaca özeti: - Yapısı: Pentoz şekeri olarak riboz, azotlu organik baz olarak timin yerine urasil içerir. - Türleri: Mesajcı RNA (mRNA), transfer RNA (tRNA) ve ribozomal RNA (rRNA) olmak üzere üç ana çeşidi vardır. - İşlevleri: Genetik bilginin taşınması, protein sentezi ve gen ifadesinin düzenlenmesinde görev alır.

DNA (Deoksiribonükleik Asit) ve RNA (Ribonükleik Asit) arasındaki temel farklar şunlardır: 1. Yapısal Farklılıklar: - DNA, deoksiribonükleotitlerden oluşurken, RNA ribonükleotitlerden oluşur. - DNA çift sarmallı bir yapıya sahipken, RNA genellikle tek sarmallıdır. - DNA'nın yapısında timin bulunurken, RNA'da urasil bulunur. 2. Fonksiyonel Farklılıklar: - DNA, genetik bilgiyi depolamak ve nesilden nesile aktarmak amacıyla kullanılır. - RNA, genetik bilginin ifade edilmesi ve protein sentezinde rol oynar. 3. Yerleşim Farklılıkları: - DNA, hücrenin çekirdeğinde bulunur (prokaryotlarda sitoplazmada da bulunabilir). - RNA, hem çekirdek içinde hem de sitoplazmada yer alabilir. 4. Kararlılık ve Dayanıklılık: - DNA, kimyasal olarak daha kararlı bir yapıya sahiptir ve genellikle daha uzun ömürlüdür. - RNA ise daha reaktiftir ve daha kısa ömürlüdür.

RNA'nın görevleri şunlardır: 1. Haberci RNA (mRNA): DNA'da depolanan genetik bilgiyi, protein sentezinin gerçekleştiği ribozomlara taşır. 2. Transfer RNA (tRNA): mRNA'daki genetik kodu deşifre eder ve karşılık gelen amino asitleri ribozomlara getirerek protein sentezini sağlar. 3. Ribozomal RNA (rRNA): Ribozomların temel bileşenidir ve protein sentezi sırasında mRNA ve tRNA'nın bağlanması için gerekli bağlanma bölgelerini sağlar. Ayrıca, düzenleyici RNA'lar (miRNA, siRNA vb.) gen ekspresyonunun düzenlenmesinde rol oynar.

Evet, virüslerde DNA ve RNA bulunur, ancak ikisi aynı anda bulunmaz. DNA virüsleri: Genetik materyal olarak DNA'ya sahiptirler ve bu virüsler arasında çiçek hastalığı ve uçuk gibi hastalıklar yer alır. RNA virüsleri: Genetik materyal olarak RNA'yı kullanırlar ve grip, kızamık, kabakulak ve HIV gibi hastalıklara neden olurlar.

RNA'nın yapısı, DNA'dan birkaç önemli açıdan farklıdır: 1. Şeker Tipi: RNA, riboz şekerini içerirken, DNA deoksiriboz şekerini içerir. 2. Baz Yapısı: DNA'da timin (T) bazı bulunurken, RNA'da urasil (U) vardır. 3. Zincir Yapısı: DNA çift sarmallı bir yapıya sahipken, RNA genellikle tek sarmallıdır. 4. Fonksiyon: DNA, genetik bilgiyi uzun vadeli depolar ve nesilden nesile aktarır.

CTAB yöntemi ile RNA izolasyonu şu adımlarla gerçekleştirilir: 1. Numune Hazırlığı: Bitki örneği sıvı azot kullanılarak dondurulur ve ardından bir mortar ve pestle veya blender ile ince bir toz haline getirilir. 2. CTAB Tamponu Eklenmesi: Öğütülmüş doku bir tüpe alınır ve içine CTAB tamponu eklenir. 3. RNase A İlavesi: RNA'yı sindirmek için RNase A enzimi eklenir. 4. Fenol-Kloroform Ekstraksiyonu: Karışım, fenol ve kloroform ile karıştırılır ve ardından vortekslenir. 5. Santrifüjleme: Karışım santrifüjlenerek üç faza ayrılır: üst sulu faz, alt organik faz ve ara faz. 6. Alkol ile Çöktürme: RNA, genellikle etanol veya izopropanol ile çöktürülür. 7. Yıkama ve Yeniden Süspansiyon: RNA çöktürmesinden sonra, kalıntı tuzları uzaklaştırmak için %70'lik alkol ile yıkanır ve ardından uygun bir tampon çözeltisi ile yeniden süspanse edilir. Bu yöntem, polysaccharide ve polyphenol açısından zengin bitki dokularından yüksek kaliteli RNA izolasyonu için uygundur.

Deoksiriboz ve riboz arasındaki temel farklar şunlardır: 1. Oksijen Atomu: Deoksiriboz, ribozdan bir oksijen atomu eksik olan bir şeker türüdür. 2. Fonksiyonel Gruplar: Riboz, RNA'nın yapısında bulunan hidrojen ve hidroksil grupları içerirken, deoksiribozda sadece hidrojen grupları bulunur. 3. Yerleşim: Deoksiriboz, DNA'nın yapısında yer alırken, riboz RNA'nın yapısında bulunur.

Nükleotit yapısı üç ana bileşenden oluşur: fosfat grubu, şeker molekülü ve azotlu baz. 1. Fosfat Grubu: Nükleotitlerin birbirleriyle bağlanmasını sağlayan temel bir bileşendir. 2. Şeker Molekülü: Genellikle riboz (RNA için) veya deoksiriboz (DNA için) şeklindedir. 3. Azotlu Baz: Genetik bilginin depolanmasında kritik bir rol oynar ve adenin, timin, sitozin, guanin veya urasil olabilir. Nükleotitler, bu bileşenlerin bir araya gelmesiyle DNA ve RNA'nın yapı taşlarını oluşturur.

RNA izolasyonu için kullanılan yöntemler şunlardır: 1. Fenol-Kloroform Ekstraksiyon Yöntemi: Bu yöntemde, RNA'nın protein ve diğer hücresel bileşenlerden ayrılması için fenol ve kloroform kullanılır. 2. Ters Transkripsiyon Yöntemi: Hücrelerden klonlanması amaçlanan genin transkripsiyon ürününü içeren RNA yalıtılır ve ardından ters transkriptaz enzimi ile DNA kopyaları çıkarılır. 3. Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) Yöntemi: DNA moleküllerindeki istenilen gen bölgesinin canlı hücre içine sokulmadan yalıtılıp çoğaltılmasına olanak tanır. 4. Trizol Yöntemi: Guanidinium tiyosiyanat, fenol ve kloroform içeren bir çözelti kullanılarak RNA izolasyonu yapılır. Bu yöntemler, RNA'nın saf ve yüksek verimli bir şekilde elde edilmesini sağlar.

Deoksiriboz ve riboz şekerleri, nükleik asitlerin yapısında bulunur. - Deoksiriboz, DNA (deoksiribonükleik asit) molekülünün yapısında yer alır. - Riboz ise RNA (ribonükleik asit) molekülünde bulunur.

MEG3 uzun kodlamayan RNA'sı, çeşitli kanser türlerinde tümör baskılayıcı olarak işlev görür. Özellikle aşağıdaki kanser türlerinde MEG3 seviyelerinin yükseldiği belirtilmiştir: - Meme kanseri; - Akciğer kanseri (non-small cell lung cancer, NSCLC); - Mide kanseri; - Yumurtalık kanseri.

Transkripsiyon ve translasyon, genetik bilginin akışında birbirini izleyen iki temel süreçtir. Transkripsiyon, DNA'dan RNA'ya genetik bilginin kopyalanmasıdır. Translasyon, mRNA'da taşınan genetik bilginin kullanılarak bir proteinin sentezlenmesidir.

Saç tokası yapısı, transfer RNA (tRNA) ve mesajcı RNA (mRNA) gibi bazı RNA türlerinde bulunur.

RNA izolasyonu için guanidyum içeren lizis solüsyonları kullanılır.

RNA sentezi, genetik bilginin DNA'dan RNA'ya aktarılması sürecidir ve protein sentezinin temel aşamalarından birini oluşturur. Bu süreç, üç temel aşamadan oluşur: 1. Başlama (Initiation): RNA polimeraz enziminin DNA üzerindeki belirli bir bölgeye bağlanmasıyla başlar. 2. Uzama (Elongation): RNA zincirinin uzatılması sürecidir; RNA polimeraz, DNA üzerindeki kodonları okuyarak RNA nükleotidlerini ekler. 3. Durma (Termination): RNA sentezinin sona erdiği aşamadır; RNA polimeraz, belirli bir durma sinyali ile karşılaştığında RNA sentezini durdurur ve yeni sentezlenmiş RNA, DNA'dan ayrılır.

RNA izolasyonunda kullanılan yöntemler şunlardır: 1. Fenol-Kloroform Ekstraksiyon Yöntemi: RNA'nın protein ve diğer hücresel bileşenlerden ayrılması için yaygın olarak kullanılır. 2. Organik Bazlı İzolasyon Yöntemi: Numunenin fenol içeren bir çözelti içinde homojenleştirilmesi temeline dayanır ve maksimum verim sağlar. 3. Filtre Tabanlı İzolasyon Yöntemleri: Küçük bir plastik tüpün dibinde bulunan membranlar kullanılarak uygulanır. 4. Manyetik Parçacık Bazlı İzolasyon Yöntemleri: Paramanyetik parçacıkların RNA molekülleriyle etkileşime girmesi prensibine dayanır. 5. Polimeraz Zincir Tepkimesi (PCR) ile İzolasyon: DNA moleküllerindeki istenilen gen bölgesinin canlı hücre içine sokulmadan yalıtılıp çoğaltılmasına olanak tanır.

Fosfodiester bağı, DNA ve RNA moleküllerinde bulunur.

Hücrede bulunan RNA'nın yaklaşık %80'ini ribozomal RNA (rRNA) oluşturur. %15'ini taşıyıcı RNA (tRNA), %5'ini ise mesajcı RNA (mRNA) oluşturur.