RNA

RNA'nın üç ana çeşidi vardır: 1. Messenger (Mesajcı) RNA (mRNA). 2. Ribozomal RNA (rRNA). 3. Taşıyıcı RNA (tRNA). Ayrıca, küçük nükleer RNA (snRNA), küçük nükleolar RNA (snoRNA), mikroRNA (miRNA) ve küçük müdahaleci RNA (siRNA) gibi daha birçok RNA türü de vardır.

DNA (Deoksiribonükleik Asit) ve RNA (Ribonükleik Asit) arasındaki temel farklar şunlardır: 1. Yapısal Farklılıklar: - DNA, deoksiribonükleotitlerden oluşurken, RNA ribonükleotitlerden oluşur. - DNA çift sarmallı bir yapıya sahipken, RNA genellikle tek sarmallıdır. - DNA'nın yapısında timin bulunurken, RNA'da urasil bulunur. 2. Fonksiyonel Farklılıklar: - DNA, genetik bilgiyi depolamak ve nesilden nesile aktarmak amacıyla kullanılır. - RNA, genetik bilginin ifade edilmesi ve protein sentezinde rol oynar. 3. Yerleşim Farklılıkları: - DNA, hücrenin çekirdeğinde bulunur (prokaryotlarda sitoplazmada da bulunabilir). - RNA, hem çekirdek içinde hem de sitoplazmada yer alabilir. 4. Kararlılık ve Dayanıklılık: - DNA, kimyasal olarak daha kararlı bir yapıya sahiptir ve genellikle daha uzun ömürlüdür. - RNA ise daha reaktiftir ve daha kısa ömürlüdür.

Evet, virüslerde DNA ve RNA bulunur, ancak ikisi aynı anda bulunmaz. DNA virüsleri: Genetik materyal olarak DNA'ya sahiptirler ve bu virüsler arasında çiçek hastalığı ve uçuk gibi hastalıklar yer alır. RNA virüsleri: Genetik materyal olarak RNA'yı kullanırlar ve grip, kızamık, kabakulak ve HIV gibi hastalıklara neden olurlar.

CTAB yöntemi ile RNA izolasyonu şu adımlarla gerçekleştirilir: 1. Numune Hazırlığı: Bitki örneği sıvı azot kullanılarak dondurulur ve ardından bir mortar ve pestle veya blender ile ince bir toz haline getirilir. 2. CTAB Tamponu Eklenmesi: Öğütülmüş doku bir tüpe alınır ve içine CTAB tamponu eklenir. 3. RNase A İlavesi: RNA'yı sindirmek için RNase A enzimi eklenir. 4. Fenol-Kloroform Ekstraksiyonu: Karışım, fenol ve kloroform ile karıştırılır ve ardından vortekslenir. 5. Santrifüjleme: Karışım santrifüjlenerek üç faza ayrılır: üst sulu faz, alt organik faz ve ara faz. 6. Alkol ile Çöktürme: RNA, genellikle etanol veya izopropanol ile çöktürülür. 7. Yıkama ve Yeniden Süspansiyon: RNA çöktürmesinden sonra, kalıntı tuzları uzaklaştırmak için %70'lik alkol ile yıkanır ve ardından uygun bir tampon çözeltisi ile yeniden süspanse edilir. Bu yöntem, polysaccharide ve polyphenol açısından zengin bitki dokularından yüksek kaliteli RNA izolasyonu için uygundur.

Deoksiriboz ve riboz arasındaki temel farklar şunlardır: 1. Oksijen Atomu: Deoksiriboz, ribozdan bir oksijen atomu eksik olan bir şeker türüdür. 2. Fonksiyonel Gruplar: Riboz, RNA'nın yapısında bulunan hidrojen ve hidroksil grupları içerirken, deoksiribozda sadece hidrojen grupları bulunur. 3. Yerleşim: Deoksiriboz, DNA'nın yapısında yer alırken, riboz RNA'nın yapısında bulunur.

Nükleotit yapısı üç ana bileşenden oluşur: fosfat grubu, şeker molekülü ve azotlu baz. 1. Fosfat Grubu: Nükleotitlerin birbirleriyle bağlanmasını sağlayan temel bir bileşendir. 2. Şeker Molekülü: Genellikle riboz (RNA için) veya deoksiriboz (DNA için) şeklindedir. 3. Azotlu Baz: Genetik bilginin depolanmasında kritik bir rol oynar ve adenin, timin, sitozin, guanin veya urasil olabilir. Nükleotitler, bu bileşenlerin bir araya gelmesiyle DNA ve RNA'nın yapı taşlarını oluşturur.

RNA izolasyonu için kullanılan yöntemler şunlardır: 1. Fenol-Kloroform Ekstraksiyon Yöntemi: Bu yöntemde, RNA'nın protein ve diğer hücresel bileşenlerden ayrılması için fenol ve kloroform kullanılır. 2. Ters Transkripsiyon Yöntemi: Hücrelerden klonlanması amaçlanan genin transkripsiyon ürününü içeren RNA yalıtılır ve ardından ters transkriptaz enzimi ile DNA kopyaları çıkarılır. 3. Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) Yöntemi: DNA moleküllerindeki istenilen gen bölgesinin canlı hücre içine sokulmadan yalıtılıp çoğaltılmasına olanak tanır. 4. Trizol Yöntemi: Guanidinium tiyosiyanat, fenol ve kloroform içeren bir çözelti kullanılarak RNA izolasyonu yapılır. Bu yöntemler, RNA'nın saf ve yüksek verimli bir şekilde elde edilmesini sağlar.

Deoksiriboz ve riboz şekerleri, nükleik asitlerin yapısında bulunur. - Deoksiriboz, DNA (deoksiribonükleik asit) molekülünün yapısında yer alır. - Riboz ise RNA (ribonükleik asit) molekülünde bulunur.

MEG3 uzun kodlamayan RNA'sı, çeşitli kanser türlerinde tümör baskılayıcı olarak işlev görür. Özellikle aşağıdaki kanser türlerinde MEG3 seviyelerinin yükseldiği belirtilmiştir: - Meme kanseri; - Akciğer kanseri (non-small cell lung cancer, NSCLC); - Mide kanseri; - Yumurtalık kanseri.

Saç tokası yapısı, transfer RNA (tRNA) ve mesajcı RNA (mRNA) gibi bazı RNA türlerinde bulunur.

RNA izolasyonu için guanidyum içeren lizis solüsyonları kullanılır.

Fosfodiester bağı, DNA ve RNA adı verilen nükleik asitlerde bulunur. Bu bağ, ardışık nükleotit şekerlerinden birinin 5'-hidroksil grubunun, diğerinin 3'-hidroksil grubuna fosfat köprüsü ile bağlanmasıyla oluşur.

mRNA (mesajcı RNA) anlamına gelir.

rRNA, tRNA ve mRNA sıralaması şu şekildedir: 1. rRNA (Ribozomal RNA): Proteinlerle birlikte ribozomların yapısını oluşturur ve protein sentezinde görev alır. 2. tRNA (Taşıyıcı RNA): Sitoplazmadaki amino asitleri aktive ederek ribozomlara taşır. 3. mRNA (Mesajcı RNA): DNA'daki bilginin ribozomlara ulaşabilmesini sağlar ve proteinin amino asit dizisini belirler.

Evet, DNA ve RNA, ökaryot, arkeler ve bakterilerde bulunur. - Ökaryot hücrelerde DNA, hücre çekirdeği içinde yer alırken, RNA çekirdek, sitoplazma, ribozom, kloroplast ve mitokondri gibi yapılarda bulunur. - Prokaryot hücrelerde (bakteri ve arkeler) ise DNA, sitoplazmada serbest halde bulunur ve RNA da sitoplazmada sentezlenir.

Pirimidinler, sitozin, timin ve urasil bazlarını içeren nükleotidlerde bulunur. - Sitozin hem DNA hem de RNA'da yer alır. - Timin sadece DNA'da bulunur. - Urasil ise sadece RNA'da bulunur.

Ribozom ve RNA farklı şeylerdir, ancak birbirleriyle ilişkilidirler. Ribozom, tüm canlı hücrelerinde bulunan, protein sentezinden sorumlu bir organeldir. RNA (ribonükleik asit) ise, protein sentezinde görevli olan ve üç çeşidi bulunan bir nükleik asittir: - mRNA (mesajcı RNA): Genetik bilgiyi DNA'dan ribozoma taşır. - tRNA (taşıyıcı RNA): Amino asitleri ribozoma getirir. - rRNA (ribozomal RNA): Ribozomun yapısına katılır ve protein sentezinde katalizör görevi görür.

Transkripsiyonda uzama aşaması, RNA polimeraz enzimi tarafından gerçekleştirilir. Bu aşamada olanlar: 1. Nükleotit Eklenmesi: RNA polimeraz, kalıp DNA ipliğine bağlı kalmadan, baz eşleşmesi yaparak nükleotitleri ekler. 2. DNA'nın Çözülmesi: Uzama devam ettikçe, DNA sürekli çekirdek enzimin önünde çözülür ve onun arkasına geri sarılır. 3. RNA'nın Ayrışması: Sentezlenen RNA, DNA'dan ayrışır. Sonuç olarak, uzama aşamasında RNA molekülü, kalıp ipliğin tamamlayıcısı olarak büyür.

siRNA (Küçük Müdahale Eden RNA), çeşitli biyolojik ve terapötik işlevlere sahiptir: 1. Gen İfadesi Kontrolü: siRNA, belirli dizilerde haberci RNA'nın (mRNA) bozunmasını teşvik ederek proteinlerin translasyonunu engeller. 2. Hastalık Tedavisi: siRNA, gen ekspresyonunu inhibe ederek bazı hastalıkların tedavisinde potansiyel olarak kullanılabilir. 3. Araştırma Araçları: siRNA, genetik araştırmaların validasyonu ve hedef ilaç keşfi gibi bilimsel çalışmalarda yaygın olarak kullanılır.

T7 RNA polimeraz, T7 bakteriyofajından türetilmiş bir DNA'ya bağımlı RNA polimerazdır. Özellikleri: - Yapısı: Yaklaşık 99 kDa moleküler ağırlığa sahip tek bir alt birim enzimdir. - Fonksiyonel Domanlar: Promoter bağlama, kataliz ve nükleotid bağlama cepleri gibi çeşitli fonksiyonel domanlar içerir. - Özgüllük: T7 promotör dizilerine karşı güçlü bir afiniteye sahiptir, bu da spesifik transkripsiyon başlatmasını sağlar. - Aktivite: Geniş bir koşul aralığında yüksek aktiviteye sahiptir. Kullanım Alanları: - İn vitro transkripsiyon. - mRNA sentezi. - RNA probları ve moleküler teşhis. - Aşı geliştirme. - Biyoteknoloji ve endüstriyel uygulamalar.