RNA

Ribonükleik asit (RNA), nükleotitlerden oluşan bir polimerdir. Ribozim, bazı RNA'ların kimyasal tepkimeleri katalizleme yeteneğine sahip olduğu durumlarda kullanılan bir terimdir. Ribozom, ribonükleik asit ve proteinden oluşan bir organeldir.

CTAB yöntemi ile RNA izolasyonu için genel adımlar: 1. Hazırlık: CTAB tamponunu (yaklaşık 1 mL/numune) Falcon tüpüne ekleyin ve %2 (v/v) β-merkaptoetanol ile karıştırın. Tüpleri 4°C'de santrifüje hazırlayın. 2. Ekstraksiyon: 750 µL CTAB tamponunu, 0,5-1 g sıvı azotla ezilmiş dokuya ekleyin ve vorteksle karıştırın. Tüpleri 65°C su banyosunda 10 dakika inkübe edin, periyodik olarak vorteksleyin. Her tüpe eşit miktarda (750 µL) kloroform : izoamil alkol (24:1) ekleyin ve iyice vorteksleyin. Tüpleri 21.000g'da (yaklaşık 14.000 rpm) 10 dakika santrifüj edin. 3. RNA Saflaştırma: Sulu fazı yeni bir tüpe aktarın. 60 µL 5M potasyum asetat ve 100 µL soğuk mutlak etanol ekleyin, tekrar vorteksleyin. Tüpleri buzda 15 dakika inkübe edin. 600 µL fenol:kloroform:izoamil alkol (25:24:1) ekleyin, vorteksleyin ve buzda 30 dakika inkübe edin. Tüpleri 16.000xg'da 20 dakika santrifüj edin. 4. Son İşlemler: Üst tabakayı yeni bir mikro santrifüj tüpüne aktarın. 8M lityüm klorür ekleyerek son konsantrasyonu 3M'ye çıkarın. RNA peleti iki kez soğuk %76 etanol ile yıkayın ve havayla kurutun. 100 µL DEPC ile işlenmiş su ekleyerek RNA peletini çözün. CTAB yöntemi

Ribozomal RNA (rRNA) ve taşıyıcı RNA (tRNA)'nın temel işlevleri şunlardır: rRNA: Ribozomların yapısını oluşturur ve mRNA'ların ribozoma bağlanmasında önemli rol oynar. Protein sentezinde katalitik aktivite gösterir. tRNA: Amino asitleri sitoplazmadan protein sentez mekanizmasına taşır. mRNA'daki nükleotid dizilerinin spesifik amino asitlere çevrilmesinde adaptör molekül olarak görev yapar.

RT-PCR (Ters Transkripsiyon Polimeraz Zincir Reaksiyonu) ve qPCR (Kantitatif Polimeraz Zincir Reaksiyonu) arasındaki temel farklar şunlardır: RT-PCR, RNA'nın amplifikasyonu için kullanılır. qPCR, nükleik asitlerin miktarını ölçmek için kullanılır. Özetle: - RT-PCR: RNA amplifikasyonu, cDNA üretimi. - qPCR: Nükleik asitlerin kantitatif ölçümü.

Ribonükleotid yapısı, beş karbonlu şeker riboz, fosfat grubu ve baz adı verilen organik bir molekülden oluşur. Riboz Şekeri: Beş karbon atomundan oluşan bir halka yapısına sahiptir. Fosfat Grubu: RNA zincirleri oluşturmak için tek tek ribonükleotid birimlerini birbirine bağlar. Baz: Adenin (A), guanin (G), sitozin (C) veya urasil (U) olabilir. Fosfat grubu olmadan, nükleobaz ve şekerin bileşimi nükleosit olarak bilinir. Ribonükleotidler, RNA moleküllerinin yapı taşlarını oluşturur ve genetik bilgi taşıma ile protein sentezine katkı sağlama gibi önemli roller üstlenir.

RNA çeşitleri birbirine dönüşemez. Her RNA türü, belirli bir işlevi yerine getirmek için özel olarak tasarlanmıştır ve bu işlevler genellikle birbirine dönüştürülemez. Örneğin, haberci RNA (mRNA), ribozomal RNA (rRNA) ve taşıyıcı RNA (tRNA) gibi temel RNA türleri, yapısal ve işlevsel olarak farklıdır ve birbirine dönüşmezler. Alternatif RNA uçbirleştirme gibi süreçler, bir RNA transkriptinin farklı şekillerde birleştirilerek farklı RNA'ların üretilmesini sağlar, ancak bu süreçler RNA türlerinin birbirine dönüşmesine değil, aynı genden farklı RNA'ların üretilmesine olanak tanır.

DNA ve RNA'da "N" harfi, herhangi bir bazı temsil eden belirsizlik sembolünü ifade eder. Örneğin, "TCACNCCAC" dizisinde "N" harfi, o konumda herhangi bir bazın bulunabileceği anlamına gelir.

De novo yolu ve salvage yolu, nükleotitlerin sentezinde kullanılan iki ana metabolik yoldur. De novo yolu, küçük moleküllerden (amino asitler, CO2 gibi) yeni karmaşık moleküller (nükleotitler) sentezleyen bir metabolik yoldur. Salvage yolu, önceden oluşturulmuş nükleotit bazlarını ve nükleosidleri geri dönüştürerek yeni nükleotitler üreten bir yoldur. Her iki yol da ribonükleotitlerin sentezini gerçekleştirir ve DNA için deoksiribonükleotitlerin üretiminde kullanılır.

Hayır, tüm RNA çeşitleri tekrar tekrar kullanılamaz. mRNA (mesajcı RNA), bir seferde yalnızca bir protein sentezleyebilir ve daha sonra parçalanır. rRNA (ribozomal RNA), sınırlı sayıda tekrar kullanılabilir; sonunda bozulur ve yeni rRNA molekülleri ile değiştirilir. tRNA (taşıyıcı RNA), birden fazla protein sentezi döngüsünde kullanılabilir ve yeniden kullanılabilir.

Qiagen ürünleri, moleküler teşhis, uygulamalı test, akademik araştırma ve farmasötik araştırmalar için numune ve tahlil teknolojileri sağlar. Başlıca kullanım alanları: DNA ve RNA izolasyonu. PCR ve qPCR. Dijital PCR sistemleri. Genetik analizler. Bu ürünler, klinik tanı, mikrobiyoloji, kanser genetiği ve farmakogenetik araştırmalarında kullanılır.

mRNA ve tRNA'nın üretildiği yerler: mRNA, ökaryot hücrelerde çekirdek (nükleus) içinde sentezlenir. tRNA, çekirdekten tek zincir hâlinde sentezlenir, ancak daha sonra sitoplazmada kendine özgü katlanmalar yaparak çift zincirli yonca yaprağı şeklini alır. Ökaryotik hücrelerde RNA'nın transkripsiyonu, RNA polimeraz III tarafından gerçekleştirilir. Prokaryot hücrelerde, RNA polimeraz tek bir cins olarak bulunur ve transkripsiyon süreci farklıdır.

DNA, RNA'dan daha kararlıdır çünkü: Şeker yapısı: DNA, deoksiriboz şekeri içerirken, RNA riboz şekeri içerir. Baz yapısı: DNA, adenin (A), timin (T), sitozin (C) ve guanin (G) bazlarını içerirken, RNA adenin (A), urasil (U), sitozin (C) ve guanin (G) bazlarını içerir. Zincir yapısı: DNA çift sarmallı bir yapıya sahipken, RNA genellikle tek ipliklidir.

En önemli RNA çeşidi olarak haberci RNA (mRNA) gösterilebilir. mRNA, DNA'daki genetik bilginin proteine çevrilmesinde aracılık eder ve bu süreçte protein sentez yeri olan ribozomlara bilgi taşır. Diğer önemli RNA çeşitleri ise: Ribozomal RNA (rRNA): Ribozomların yapısında yer alır ve protein sentezinde önemli rol oynar. Taşıyıcı RNA (tRNA): Aminoasitlerin taşınmasında görev alır.

Hsa_circ_0000375, dairesel bir RNA (circRNA) türüdür. Bazı özellikleri: Fonksiyon: Hsa_circ_0000375, tümör baskılayıcı olarak görev yapabilir. İfade düzeyi: Çeşitli kanser türlerinde, örneğin kolorektal kanser ve meme kanserinde, genellikle aşağı regüle edilmiştir. Etki mekanizması: miR-7706 ve miR-424-5p gibi mikroRNA'ları sünger gibi emerek etki gösterebilir. Klinik önem: Hsa_circ_0000375, kanser teşhisi için potansiyel bir biyobelirteç olarak araştırılmaktadır.

DNA, ökaryot hücrelerde çekirdek içinde, prokaryot hücrelerde ise sitoplazma içinde bulunur. RNA ise çekirdek ve sitoplazmada bulunabilir. Mesajcı RNA (mRNA), bilgileri çekirdekten ribozoma taşır. Transfer RNA (tRNA), ribozom ile ilişkilidir ve amino asitleri taşır. Ribozomal RNA (rRNA), ribozomun ana bileşenidir.

Hayır, RNA'da protein bulunmaz. RNA, nükleotitlerden oluşan bir polimerdir ve her nükleotit bir azotlu baz, bir riboz şeker ve bir fosfattan oluşur.

Dokudan RNA elde etmek için aşağıdaki adımlar izlenir: 1. Hücre Lizisi: Doku veya hücrelerin çeper ve zar yapıları parçalanır. 2. Santrifüj: Hücre lizatı santrifüjlenerek RNA, diğer hücresel makromoleküllerden ayrılır. 3. RNA Ekstraksiyonu: Fenol-kloroform ekstraksiyonu gibi yöntemlerle hidrofilik bileşenler (nükleik asitler, şeker, tuzlar) sıvı fazda kalır. 4. Presipitasyon: Etanol veya izopropanol eklenerek RNA presipite edilir. Bazı ticari kitler: RNeasy Mini Kit (Qiagen); RNAqueous-Micro Total RNA Isolation Kit (Ambion). RNA izolasyonu sırasında RNase içermeyen malzemeler kullanılması ve RNase aktivitesini yok eden dietilpirokarbonat (DEPC) ile hazırlanmış çözeltiler kullanılması önemlidir.

Hücredeki RNA'nın yaklaşık %15'ini transfer RNA (tRNA) oluşturur.

Evet, ribozomal RNA (rRNA) protein sentezinde görev alır. rRNA, ribozomlarda bulunur ve değişik proteinlerle birlikte protein sentezinin gerçekleştiği ribozomları oluşturur.

RNA'da saç tokası (hairpin loop) şu şekilde oluşur: 1. Palindromik bir bölgenin okunması sonucunda, RNA transkripti kendi kendisiyle baz eşleşmesi yaparak saç tokası şeklinde bir kıvrım oluşturur. 2. GC zengin bölge saç tokasının alt kısmında yer alır ve bu yapı dayanıklılığı artırır. 3. U'den zengin bölge ise uç kısımda bulunur ve A-U arasındaki iki hidrojen bağı nedeniyle zayıftır. Saç tokası halkaları, haberci RNA (mRNA) ve transfer RNA (tRNA) gibi RNA moleküllerinde sıkça gözlemlenir.