E-deftere geçişte üç ay kuralı, Gelir İdaresi Başkanlığı'nın (GİB) yaptığı analiz veya inceleme çalışmaları neticesinde riskli ya da vergiye uyum düzeyi düşük olduğu tespit edilen mükellefler için geçerlidir. Bu mükellefler veya mükellef grupları, faaliyet, sektör ve ciro tutarına bağlı olmaksızın, yazılı bildirim almak ve geçiş hazırlıkları için en az üç ay süre verilmek suretiyle e-defter uygulamasına geçme zorunluluğu getirilebilir. Kendisine yazılı bildirim yapılan mükelleflerin, bu bildirimde belirtilen süreler içinde e-defter uygulamasına dahil olması gerekmektedir. Ayrıca, e-defter uygulamasına geçme zorunluluğu olan bir mükellef, işi bırakıp daha sonra yeniden mükellefiyet tesis ettirirse, yeniden e-defter uygulamasına dahil olması için üç ay süresi bulunur. Son olarak, e-defter uygulamasına geçme zorunluluğu olduğu belirtilen mükellefler; tam bölünme, birleşme veya tür değişikliğine gitmeleri halinde de üç ay içinde yeni tüzel kişilik olarak uygulamaya geçmek zorundadır.