Dideoksiribonükleotit trifosfat (ddNTP) kullanılan bazı durumlar şunlardır: Sanger dizileme yöntemi. DNA dizileme. Modern araştırmalar. Ayrıca, ddNTP'ler, dört nükleobaza (mavi, yeşil, kırmızı, sarı gibi) floresan etiketlerle bağlanarak, birden fazla bazın (A, G, C, T) eklenmesini ve ilgili rengin lazerle tespit edilmesini sağlar.