HBV'de bazı genotipler, diğerlerine göre daha tehlikeli kabul edilir: Genotip C, yüksek replikasyon kapasitesi, şiddetli karaciğer hasarı, sürekli yüksek ALT seviyeleri ve interferon tedavisine düşük yanıt vermesi nedeniyle daha tehlikeli olarak değerlendirilir. Genotip D, kroniklik ve mutasyon sıklığının yüksek olması nedeniyle tehlikelidir. Ayrıca, genotip A'nın da kronikleşme eğilimi olduğu belirtilmiştir. Genotiplerin tehlikeliliği, coğrafi dağılım, enfeksiyon yolu ve hastalık ilerlemesi gibi faktörlere bağlı olarak değişebilir.