Chipotle, bazı açılardan sağlıksız olarak değerlendirilebilir: 1. Yüksek sodyum içeriği: Chipotle burritolar, günlük önerilen sodyum miktarını aşabilir ve bu da yüksek tansiyon ve kalp hastalığı riskini artırabilir. 2. Kalori değeri: Özellikle tavuk, beyaz pirinç, pinto fasulye ve çeşitli soslarla hazırlanan bir Chipotle burrito, 1180 kalori içerir ve bu, ortalama bir yetişkinin günlük kalori alımını aşabilir. 3. Genetiği değiştirilmiş bileşenler: Chipotle'un bazı malzemeleri genetiği değiştirilmiş organizmalar (GDO) içerir. 4. Hidrojene yağlar ve yapay koruyucular: Un tortillaları gibi bazı ürünlerde hidrojene yağlar ve yapay koruyucular bulunur. Sağlıklı seçenekler arasında ise barbacoa, siyah fasulye, carnitas, guacamole ve salsalar gibi GMO, hidrojenlenmiş yağ ve koruyucu içermeyen menü öğeleri yer alır.