Ekolojinin bazı alt dalları: İncelenen canlı tipine göre: bitki ekolojisi; hayvan ekolojisi (omurgalı, omurgasız, böcek ekolojisi vb.); Ortamdaki çevre şartlarına göre: deniz ekolojisi (kıyı, derin deniz); tatlı su ekolojisi (göl, akarsu, bataklık); karasal ekoloji (alpin, tundra, çöl); Canlıların sayısına göre: otoekoloji (bir bireyin habitatındaki çevre faktörleriyle ilişkisi); sinekoloji (birçok bireyin, popülasyonların, birliklerin çevreyle ilişkisi); Konulara yaklaşımına göre: ekolojik genetik (genekoloji); fizyolojik ekoloji; ekolojik anatomi. Ekolojinin ayrıca populasyon ekolojisi, peyzaj ekolojisi, kent ekolojisi, endüstriyel ekoloji, ekolojik mühendislik ve ekolojik ekonomi gibi uygulamalı alt dalları da bulunmaktadır.