Hypatia'nın felsefesi, sistematik bir kuramdan çok antik mirasın yaşatılması ve bunun bilimle birleştirilme çabasıdır. Hypatia'nın felsefesinin bazı temel özellikleri: Akıl ve eleştirel düşünce: Hypatia, felsefeyi bir yaşam biçimi olarak benimsemiş ve düşünmenin önemini vurgulamıştır. Platonculuk: Platonculuk görüşü, Hypatia'nın felsefesinde hakimdir. Birlik fikri: Hypatia, insanları ayıran şeyin yine insanlar olduğunu savunmuş ve konuşarak, tartışarak sorunların çözülebileceğini düşünmüştür. Din ve inanç özgürlüğü: Hypatia, farklı inançlara ve düşüncelere sahip öğrencilere eğitim vermiş ve bu yönüyle dönemin ileri gelenlerinin dikkatini çekmiştir. Hypatia, yaşadığı dönemde kadınların felsefe yapamayacağına dair önyargılara rağmen felsefe yaparak bu algıya karşı çıkmıştır.