Deniz Feneri Derneği, kendi bağışları ve çeşitli yardım faaliyetleriyle finanse edilmektedir. Türkiye'deki Deniz Feneri Derneği, yardımlarını şu yollarla sürdürmektedir: Nakdi yardımlar. Gıda, giyim, barınma, eğitim ve sağlık yardımları. Yurt içi ve yurt dışı projeler (su kuyusu açılışları, katarakt ameliyatları, kurban organizasyonları, mescit, Kur’an kursu, yetimhane ve okul inşaaları). Ayrıca, 2024 yılında Somali'nin başkenti Mogadişu'da açılan temsilcilik, Afrika'daki yardım faaliyetlerini artırmıştır. Almanya'daki Deniz Feneri e.V. derneği ise geçmişte, toplanan bağışların dernekle ilişkili şirketlere aktarılması iddiasıyla gündeme gelmiştir.