Çöreklerde kullanılan baharatlar, çörek türüne ve bölgesel farklılıklara göre değişiklik gösterebilir. İşte bazı çöreklerde kullanılan yaygın baharatlar: Diyarbakır çöreği: Tarçın, mahlep, mayana (rezene tozu), susam, çörek otu. Balkan çöreği: Kakule, maileb, tarçın, safran, zencefil, zerdeçal. Vegan baharatlı çörek: Kimyon, kişniş, pul biber, karabiber. Ayrıca, çöreklerde baharat olarak siyah kimyon, anason, sarımsak tozu, sumak gibi malzemeler de kullanılabilir.