Balık etini en sağlıklı pişirme yöntemleri şunlardır: Buharda pişirme: Balığın suyla direkt temas etmeden buhar ile pişirilmesi, besin değerlerini korur. Fırında pişirme: Ortalama 160-180 derece sıcaklıkta, yanında sebze gibi ek malzemelerle pişirme yöntemidir. Mikrodalgada pişirme: Enerji dalgaları kullanarak pişirme yapar, omega-3 yağ asitlerinin kaybını önleyebilir. Sous vide (vakum altında pişirme): Yiyeceklerin kapalı bir poşete konarak su banyosunda çok düşük sıcaklıkta pişirilmesi yöntemidir. Sağlıklı pişirme yöntemleri arasında yer almayan kızartma yöntemleri ise şu şekildedir: Tavada kızartma: Az miktarda yağ kullanılarak yapılan kızartma yöntemidir. Derin yağda kızartma: Balığın büyük miktarda yağa batırılarak pişirildiği yöntemdir.