PDB, protein ve nükleik asitlerin üç boyutlu yapısal verilerini içeren veritabanıdır. X-ışını kristalografisi ve NMR spektroskopisi ile elde edilen verileri barındırır. PDBe, PDBj, RCSB ve BMRB üye kuruluşları aracılığıyla erişilebilir. Dünya Protein Data Bank (wwPDB) tarafından yönetilmektedir
Bu video, "Biyoloji ile" kanalından bir öğretmenin 9. sınıf öğrencilerine yönelik hazırladığı kapsamlı bir biyoloji dersi konu anlatımıdır. Öğretmen, yazılı sınavına hazırlık amacıyla konuları basit ve anlaşılır bir şekilde anlatmaktadır.. Video, biyoçeşitlilik kavramından başlayarak inorganik ve organik bileşikler, suyun özellikleri, mineraller, monomer-polimer kavramları, hidroliz-dehidrasyon tepkimeleri, karbonhidratlar, lipitler ve proteinler konularını detaylı şekilde ele almaktadır. Her konu, teorik bilgilerle başlayıp örneklerle pekiştirilmekte ve üniversite sınavlarında çıkabilecek soru tipleri gösterilmektedir.. Öğretmen, konuları günlük hayattan örneklerle ve görsel canlandırmalarla açıklamakta, öğrencilerin not almasını teşvik etmekte ve konuları daha kolay hatırlamak için kodlama ve biyoloji şifreleri gibi pratik yöntemler sunmaktadır. Video, proteinlerin dört farklı yapısı (primer, sekonder, tersiyer, quarterler) ve denatürasyon-renatürasyon kavramlarıyla sonlanmaktadır.
Yapı, birbiriyle ilişkili unsurların düzenlenmesi ve organizasyonudur. Maddi yapılar insan yapımı ve doğal nesneleri içerir. Soyut yapılar bilgisayar bilimleri ve müzik formunu kapsar
Bu video, bir eğitim dersi formatında olup, bir eğitmen tarafından amino asitler hakkında bilgi verilmektedir.. Video, alifatik düz zincirli amino asitlerin incelenmesiyle başlıyor. Önce glisin amino asidi tanıtılarak, akiral karbon atomuna sahip olması, esneklik sağladığı ve fibroz proteinlerde (özellikle kollajen) bulunduğu açıklanıyor. Ardından alifatik düz zincirli amino asitlerin en temel yapısı olan alenin amino asidi ve ardından gelen valin, lösin ve izolosin amino asitleri hakkında bilgi veriliyor. Tüm bu aminoasitlerin proteinlerin sudan uzak bölgelerinde lokalize olduğu ve nompolar olması nedeniyle hidrofobik etkileşimler sağladığı belirtiliyor.
Enzimler, kimyasal tepkimelerin hızını artıran protein yapılı biyomoleküllerdir. Enzimler substratları ürünlere dönüştürür ve çok seçicidir. Enzimler aktivasyon enerjisini azaltarak çalışır ve tepkime hızını artırır. Enzimler genelde 62-2500 amino asitten oluşan küresel proteinlerdir
Bu video, Florida Üniversitesi Bilgisayar Bölümü'nde 2004 yılından beri hocalık yapan Taner Kahveci tarafından sunulan bir ders tanıtımıdır. Taner Kahveci, Kaliforniya Üniversitesi'nde doktora yapmış ve Türkiye'de Bilkent Üniversitesi Bilgisayar Bölümü'nde lisans eğitimi almıştır.. Video, bioinformatik (üniformatik) dersinin tanıtımını yaparak başlıyor ve ardından bioinformatikteki temel kavramları (filojeni, protein yapıları, biyolojik ağlar) açıklıyor. Daha sonra biyolojik verilerin çeşitliliği, büyüklüğü ve analiz edilmesinin zorlukları ele alınıyor. Son bölümde ise veri toplama ve algoritmalar konuları Pony Express örneği üzerinden anlatılıyor.. Ders, farklı altyapılarda yetişmiş öğrencilerin (mühendislik, biyoloji, tıp fakültesinden) katıldığı bir ders olup, temel biyoloji ve bilgisayar bilgisi varsayımı altında anlatılacaktır. Video, bioinformatik alanının bilgisayarcılar için önemli bir alan olduğunu vurgulayarak sona ermektedir.
Bu video, bir eğitim dersi formatında protein yapısı ve sentezi konusunu anlatan bir öğretici içeriktir. Konuşmacı, protein yapısını ve sentez sürecini detaylı bir şekilde açıklamaktadır.. Video, protein yapısının üç temel aşamasını (primer, sekonder ve tersiyer yapı) açıklayarak başlıyor ve bu yapıların fonksiyonel olduğunu vurguluyor. Ardından denatürasyon kavramı anlatılıyor. Daha sonra protein sentezi ile ilgili örnek sorular çözülüyor; DNA'nın anlamlı zincirinden protein sentezinin nasıl yapıldığı, aminoasit sayısı, nükleotit sayısı ve kodon-antikodon ilişkileri gibi konular ele alınıyor. Video, protein sentezi konusunu pekiştirmek isteyen öğrenciler için faydalı örnekler içermektedir.
Bu video, bir eğitim içeriği olup, konuşmacı enzimler konusunu pekiştirmek amacıyla soru çözümleri sunmaktadır.. Videoda enzimlerin yapısı, özellikleri ve işlevleri hakkında çeşitli sorular çözülmektedir. Konuşmacı, proteinlerin yapısı, enzimlerin protein ve kofaktörlerden oluşması, bileşik ve basit enzimler arasındaki farklar gibi konuları açıklamaktadır. Video, önceki iki enzim konulu videonun devamı niteliğindedir ve bir sonraki videoda enzimlerin görevlerine ilişkin soruların çözüleceği belirtilmektedir.
DNA'nın çift sarmal modelini James Watson ortaya koymuştur. DNA eşlemesi sırasında DNA helikaz enzimi zincirleri ayırır. DNA'nın yapısında fosfodiester, hidrojen ve peptid bağları bulunur
Bu video, bir eğitmen tarafından sunulan biyoloji dersinin üçüncü bölümünün üçüncü kısmında çıkmış soruların çözümünü içermektedir.. Videoda protein yapısı, laboratuvar çalışmaları ve protein ölçümü konuları ele alınmaktadır. Eğitmen, proteinin primer, sekonder, ters ve quartner yapılarını açıklamakta, protein bağlarını kırmak için kullanılan ajanları (performik asit, fen izotiyosi, flu-o nitro-benzen) anlatmakta ve ultraviyole ışınla protein ölçümünde kullanılan amino asitleri (tirozin, fenilalanin, triptofan) açıklamaktadır. Ayrıca kollajen, elastin ve alfa keratin gibi suda çözünmeyen fibröz proteinler ile hemoglobinin gibi suda çözünen globüler proteinler arasındaki farklar da ele alınmaktadır.
Bilim insanları rubisko enziminin antik bir çeşidini keşfetti. I rubisco formu, Dünya'nın evrimiyle 2,4 milyar yıl öncesine uzanıyor. I rubisco, fotosentez için kritik bir enzimdir
Bu video, bir öğretmenin kimyasal bağlar ve protein yapısı konularını anlattığı eğitim dersi formatındadır.. Video iki ana bölümden oluşmaktadır. İlk bölümde kimyasal bağların çeşitleri (kovalent, iyonik, hidrojen, hidrofobik etkileşim ve van der Waals bağları) detaylı şekilde ele alınmakta, elementlerin kovalent bağ sayıları ve organik bileşenlerdeki kovalent bağlar (glikozit, ester ve peptit bağları) açıklanmaktadır. İkinci bölümde ise peptit bağlarının yapısı, amino asitler arasındaki ilişkiler ve proteinlerin dört farklı yapısal seviyesi (primär, sekonder, tersiyer ve kuaterner) anlatılmaktadır.. Video özellikle biyoloji ve biyokimya öğrencileri için hazırlanmış olup, sınavlara hazırlananlar için faydalı bilgiler içermektedir. Proteinlerin denatüre edilmesi durumunda kırılan bağlar ve hidrojen bağlarının protein yapısındaki rolü gibi konular da detaylı olarak açıklanmaktadır.
Victor Ambros ve Gary Ruvkun, mikroRNA'ların gen düzenleme mekanizmasını keşfettiler. MikroRNA'lar, genlerin protein üretimini kontrol eden yeni bir mekanizma. MikroRNA'lar hayvanlar aleminde yaygın ve hücresel işlevlerde önemli rol oynuyor
Bu video, bir eğitim dersi formatında olup, bir eğitmen tarafından aminoasitler hakkında bilgi verilmektedir.. Video, asidik (negatif yüklü) aminoasitlerin özelliklerini ve işlevlerini anlatmaktadır. Eğitmen, bu aminoasitlerin fizyolojik pH'da (7.20) negatif yüklü olduğunu, proteinlere negatif yük kazandırdığını ve hidrofilik bölgelerde etkileşimlerde rol oynadığını açıklamaktadır. Sodyum kanalı örneği üzerinden bu aminoasitlerin işlevi gösterilmekte ve aspartik asit ile glutamik asit (veya glutamat) gibi örnekler verilmektedir. Video, bir sonraki derste bazik (pozitif yüklü) aminoasitlerin işleneceği bilgisiyle sonlanmaktadır.
Bu video, bir konuşmacının yapay zeka teknolojisinin bilimsel keşiflerdeki rolünü anlattığı eğitici bir belgesel formatındadır. Videoda Michael Bay'ın "Ambulans" filmindeki drone sahneleri, Alex Venover adlı dünya şampiyonu drone pilotu ve Zürih Üniversitesi'nin Swift yapay zeka sistemi hakkında bilgiler verilmektedir.. Video, yapay zekanın insan operatörlerini nasıl yenmeye başladığını anlatarak başlıyor ve bilimsel keşiflerin tarihsel gelişimini dört paradigma olarak ele alıyor. Ardından protein yapısını belirleme, ötegezegen keşfi, fotoğraf kalitesini iyileştirme, kara delik fotoğraflarını geliştirme ve CERN'deki veri analizi gibi yapay zekanın çeşitli alanlardaki uygulamalarını detaylandırıyor.. Konuşmacı, yapay zekayı "tekerlek" benzetmesiyle anlatarak bu teknolojinin bilim ve teknoloji alanındaki hızlandırıcı rolünü vurguluyor. Ayrıca Harvard Medical School ziyareti, kanser araştırmaları ve yapay zekanın gelecekteki potansiyel riskleri hakkında da bilgiler sunuluyor.
Bu video, biyoloji eğitimi formatında protein yapısını anlatan bir ders anlatımıdır. Konuşmacı, proteinlerin biyolojik sistemlerdeki görevlerini ve yapılarını detaylı şekilde açıklamaktadır.. Video, protein yapısının farklı katmanlarını incelemektedir. Önce hemoglobin molekülünün yapısı üzerinden proteinlerin aminoasit dizilimlerinin önemi anlatılmakta, ardından protein yapısının dört temel formu (birincil, ikincil, üçüncül ve dördüncül yapı) detaylı olarak açıklanmaktadır. Her bir yapı için moleküler etkileşimler, hidrojen bağları ve yan zincirlerin rolü görsel örneklerle gösterilmektedir. Video, protein yapısının DNA'dan translasyon ile nasıl oluşturulduğunu ve proteinlerin biyolojik sistemlerdeki çeşitli görevlerini nasıl yerine getirdiğini anlamak isteyenler için faydalı olacaktır.
Bu video, biyokimya konusunda aminoasitler hakkında detaylı bilgi veren bir eğitim içeriğidir. Anlatıcı, konuyu günlük hayattan örneklerle açıklamaktadır.. Video, aminoasitlerin genel yapısını ve metabolik süreçteki rolünü anlatarak başlıyor. Hemoglobin örneği üzerinden aminoasitlerin protein yapısındaki önemi açıklanıyor. Ardından aminoasitlerin yapısı detaylı olarak inceleniyor: amino grubu, karboksilik asit grubu, alfa karbon ve yan zincir (R grubu) tanıtılarak, kiralite kavramı ve Fisher izdüşümü açıklanıyor. Video, aminoasitlerin L ve D formlarının arasındaki farkları ve insan vücudunda sadece L formunun bulunduğunu vurgulayarak sonlanıyor.
Bu video, bir öğretmenin 9. sınıf öğrencileri için hazırladığı Maarif modeline göre konu anlatımıdır. Öğretmen, organik maddeler konusunun devamı olarak enzimler hakkında kapsamlı bilgiler vermektedir.. Video, enzimlerin ne olduğu, yapısı, özellikleri ve işleyiş mekanizmasını adım adım açıklamaktadır. İlk olarak enzimlerin protein yapılı moleküller olduğu ve aktivasyon enerjisini düşürerek tepkimeleri hızlandırdığı anlatılmakta, ardından enzim-substrat uyumu, enzim-substrat kompleksi, feedback mekanizmaları ve enzim aktivasyonu konuları ele alınmaktadır. Son bölümde ise enzimlerin çalışmasını etkileyen faktörler (sıcaklık, su, pH, substrat yüzeyi ve beşli) detaylı şekilde açıklanmaktadır.. Video, günlük hayattan örnekler (kuaförler ve müşteriler arasındaki ilişki, karaciğer ve katalaz enzimi) kullanarak konuları somutlaştırmakta ve enzim aktivitesini etkileyen faktörler konusunun ayrı bir videoda anlatılacağı bilgisiyle sonlanmaktadır.
Bu video, biyolojik süreçlerdeki en önemli kimyasal grupları açıklayan eğitici bir içeriktir.. Video, biyolojik moleküllerdeki yedi önemli kimyasal grubu (hidroksil, karbonil, karboksil, amino, sülfitril, fosfat ve metil) detaylı olarak incelemektedir. Her bir grubun yapısı, özellikleri ve biyolojik fonksiyonlar örneklerle açıklanmaktadır. Özellikle hidroksil, karbonil, karboksil, amino, sülfitril ve fosfat gruplarının kimyasal özellikleri ve protein yapısı, hücre zarları, gen ifadesi gibi biyolojik süreçlerdeki rolleri vurgulanmaktadır.
Bu video, bir konuşmacının darwinizmin geçersizliğini anlattığı bir sohbet formatındadır. Konuşmacı, darwinizmin Allah'ın varlığına karşı bir iddia olduğunu ve bu iddianın bilimsel delillerle çürütüldüğünü savunmaktadır.. Video, darwinizmin geçersizliğini protein yapısı, ara formlar, mutasyonlar ve fosil kayıtları üzerinden ele almaktadır. Konuşmacı, proteinlerin kendi kendine oluşamadığını, ara formların olmadığını, mutasyonların yeni bilgi üretmediğini ve DNA'nın fotokopi makinesi gibi çalıştığını örneklerle açıklamaktadır. Ayrıca, canlıların Allah tarafından kusursuz bir şekilde yaratıldığını ve evrim sürecinin mümkün olmadığını vurgulamaktadır.