Şeker ameliyatı (metabolik cerrahi), her cerrahi operasyonda olduğu gibi bazı riskler içerir. Bu riskler arasında: enfeksiyon; emboli oluşumu; kanama; anesteziye bağlı sorunlar yer alır. Ayrıca, yapılan ameliyat türüne göre değişmekle birlikte uzun vadede fıtık, ishal, kusma, ülser, reflü ve bağırsak tıkanıklığı gibi riskler de vardır. Doktorlar, ameliyat öncesinde hastaları bu riskler hakkında detaylı olarak bilgilendirir. Şeker ameliyatının uygun olup olmadığı, hastanın genel sağlık durumu, şeker hastalığına eşlik eden diğer kronik rahatsızlıklar, yaş ve benzeri etmenlere bağlı olarak değişebilir. Şeker ameliyatı olmayı düşünen bir kişinin, karar vermeden önce bir uzmana danışması önerilir.