Buhara Hanlığı'nın askeri teşkilatı şu şekilde özetlenebilir: Kabile birlikleri: Devletin askeri gücünün temeli, Özbek ulusunu oluşturan kabile birliklerine dayanmaktaydı. Hassa birlikleri: Özbekler ve diğer topluluklardan sağlanan insan gücüyle oluşturulan özel birliklerdi. Yardımcı birlikler: Kazak, Kırgız, Karakalpak ve Türkmenler gibi devletin idaresi altındaki topluluklardan sağlanırdı. Ateşli silahlar: XVI. yüzyılın ortalarından itibaren ordu, ateşli silahlarla teçhiz edilmeye başlandı. Etki: Askeri terimler ve birimler, Altınorda, İlhanlılar ve Timurlulardan miras alınmıştı. Buhara Özbek ordusu, XVI. yüzyılda etkin bir muharip güç olsa da, XVII. yüzyıldan itibaren Orta Asya'nın siyasi, iktisadi ve kültürel gerilemesine paralel olarak XIX. asrın ortalarına kadar gelişim gösteremedi ve modern dünyanın askeri sisteminin çok gerisinde kaldı.