Çin-Avrupa Ekspresi, farklı rotalara göre çeşitli şehirlerden geçmektedir. Örneğin, Tongjiang-Moskova rotası üzerinden geçen tren, Çin'in Heilongjiang eyaletindeki Tongjiang şehrinden yola çıkıp, Rusya'nın başkenti Moskova'ya ulaşmaktadır. Chongqing-Avrupa rotası ise, Çin'in Chongqing şehrinden başlayıp, Horgos Limanı üzerinden Azerbaycan ve Gürcistan'ı geçerek Türkiye ve Avrupa ülkelerine ulaşmaktadır. Orta Koridor Ultra-Ekspres Blok Treni ise, Chongqing'den yola çıkıp, Horgos Limanı'ndan sonra Azerbaycan, Gürcistan, Türkiye ve Avrupa ülkelerine ulaşmaktadır. Çin-Avrupa Ekspresi'nin geçtiği şehirler, kullanılan rotaya göre değişiklik gösterebilir.