Basit boyama yöntemi, mikroorganizmaların temel morfolojik yapılarını incelemek için tek bir boya solüsyonu kullanılarak yapılan bir boyama yöntemidir. Bu yöntemde aşağıdaki adımlar izlenir: 1. Preparatın hazırlanması: Organ parçaları veya sıvılar lam üzerine sürülerek veya yayılarak hazırlanır. 2. Kurutma: Preparat, oda veya etüv ısısında ya da alev üzerinde kurutulur. 3. Tespit (fikzasyon): Preparat, mikroorganizmaları öldürmek ve yapıyı muhafaza etmek için metil alkol veya etil alkol ile muamele edilir. 4. Boyama: Preparat, karbolfuksin, kristal viyole veya metilen mavisi gibi boyalarla boyanır ve belirli bir süre bekletilir. 5. Yıkama ve kurutma: Boya dökülerek preparat distile suyla yıkanır ve havada veya kurutma kağıdı ile kurutulur. 6. Mikroskopta inceleme: Hazırlanan preparat, mikroskop altında incelenir.