Y kromozomunda çeşitli hastalıklar bulunmaktadır, bunlar iki ana grupta sınıflandırılabilir: 1. Genetik Anomaliler: Y kromozomunun kaybı veya yapısal anomalileri, Turner sendromu gibi cinsiyet gelişim bozukluklarına yol açabilir. 2. Endokrin Hastalıklar: Y kromozomu, erkeklerde hormonal dengeyi etkileyen genleri içerir ve bu nedenle bazı endokrin hastalıklara yol açabilir: - Androjen Eksikliği: Y kromozomu üzerindeki genlerin mutasyonları, androjen hormonlarının üretiminde azalmaya neden olabilir. - Hipogonadizm: Y kromozomuyla ilişkili genetik bozukluklar, testislerin yeterince hormon üretmemesine yol açabilir. - Fertilitede Azalma: Y kromozomundaki anormallikler, sperm üretiminde sorunlara ve dolayısıyla infertiliteye neden olabilir. Diğer hastalıklar arasında mikrodelesyonlar da yer alır; bu durum, sperm hücresi üretimini etkileyen ve erkek kısırlığına neden olan genetik bir kusurdur.